Predicting knot and catenane type of products of site-specific recombination on twist knot substrates.
Predicting knot and catenane type of products of site-specific recombination on twist knot substrates.
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预测扭结基底上位点特异性重组产物的结和索烷类型。
DOI：
10.1016/j.jmb.2011.05.048
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发表时间：
2011
影响因子：
5.6
通讯作者：
Valencia K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Valencia K
超螺旋环状DNA分子上的位点特异性重组可以产生各种结和索烃。扭结是这些产物的一些最常见的构象，并且它们可以充当进一步轮的位点特异性重组的底物。它们也是最简单的纽结和索链族之一。然而，我们对它们在DNA和重要细胞过程（如位点特异性重组）中的意义的系统理解非常有限。在这里，我们提出了一个拓扑模型的位点特异性重组特征的所有可能的产品，这个反应的扭结基板，扩展巴克和Flapan以前的工作。我们说明了如何使用我们的模型来检查以前未表征的实验数据。我们还展示了我们的模型如何帮助确定多轮过程重组中的产品序列，并区分过程重组和分配重组的产品。该模型研究了任意扭结底物上的通用位点特异性重组，这是一个全球理解有限的主题。我们还提供了一个系统的方法，将我们的模型应用到各种不同的重组系统。
Site-specific recombination on supercoiled circular DNA molecules can yield a variety of knots and catenanes. Twist knots are some of the most common conformations of these products, and they can act as substrates for further rounds of site-specific recombination. They are also one of the simplest families of knots and catenanes. Yet, our systematic understanding of their implication in DNA and important cellular processes such as site-specific recombination is very limited. Here, we present a topological model of site-specific recombination characterizing all possible products of this reaction on twist knot substrates, extending the previous work of Buck and Flapan. We illustrate how to use our model to examine previously uncharacterized experimental data. We also show how our model can help determine the sequence of products in multiple rounds of processive recombination and distinguish between products of processive and distributive recombinations. This model studies generic site-specific recombination on arbitrary twist knot substrates, a subject for which there is limited global understanding. We also provide a systematic method of applying our model to a variety of different recombination systems.
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DOI：
10.1017/s0305004100067323
发表时间：
1987
影响因子：
0.8
作者：
C. Ernst;D. Sumners
通讯作者：
D. Sumners
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影响因子：
--
作者：
R. Feil
通讯作者：
R. Feil
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影响因子：
0.5
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C. Ernst
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C. Ernst
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作者：
J. Bath;D. Sherratt;S. Colloms
通讯作者：
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DOI：
10.1385/1-59259-259-7:99
发表时间：
1999
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Zechiedrich,EL;Crisona,NJ
通讯作者：
Crisona,NJ