TIES 2.0: A Dual-Topology Open Source Relative Binding Free Energy Builder with Web Portal.
TIES 2.0: A Dual-Topology Open Source Relative Binding Free Energy Builder with Web Portal.
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DOI：
10.1021/acs.jcim.2c01596
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发表时间：
2023-02-13
影响因子：
5.6
通讯作者：
Coveney, Peter, V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bieniek, Mateusz K.;Wade, Alexander D.;Bhati, Agastya P.;Wan, Shunzhou;Coveney, Peter, V
相对结合自由能（RBFE）的计算被广泛应用于药物发现过程。TIES是一种支持NAMD和OpenMM分子动力学引擎的RBFE计算的双拓扑方法。该软件已在公开可用的数据集上进行了彻底验证。在这里，我们将介绍开源软件以及使用户能够正确快速地执行此类计算的web门户（）。
Relative binding free energy (RBFE) calculations are widely used to aid the process of drug discovery. TIES, Thermodynamic Integration with Enhanced Sampling, is a dual-topology approach to RBFE calculations with support for NAMD and OpenMM molecular dynamics engines. The software has been thoroughly validated on publicly available datasets. Here we describe the open source software along with a web portal () that enables users to perform such calculations correctly and rapidly.
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影响因子：
4.1
作者：
BENNETT, CH
通讯作者：
BENNETT, CH
影响因子：
5.5
作者：
Bhati AP;Wan S;Hu Y;Sherborne B;Coveney PV
通讯作者：
Coveney PV
影响因子：
3
作者：
Kutzner, Carsten;Pall, Szilard;Fechner, Martin;Esztermann, Ansgar;de Groot, Bert L.;Grubmueller, Helmut
通讯作者：
Grubmueller, Helmut
影响因子：
64.8
作者：
Jumper J;Evans R;Pritzel A;Green T;Figurnov M;Ronneberger O;Tunyasuvunakool K;Bates R;Žídek A;Potapenko A;Bridgland A;Meyer C;Kohl SAA;Ballard AJ;Cowie A;Romera-Paredes B;Nikolov S;Jain R;Adler J;Back T;Petersen S;Reiman D;Clancy E;Zielinski M;Steinegger M;Pacholska M;Berghammer T;Bodenstein S;Silver D;Vinyals O;Senior AW;Kavukcuoglu K;Kohli P;Hassabis D
通讯作者：
Hassabis D
影响因子：
4.1
作者：
He, Xibing;Liu, Shuhan;Wang, Junmei
通讯作者：
Wang, Junmei