The JCVI standard operating procedure for annotating prokaryotic metagenomic shotgun sequencing data.
The JCVI standard operating procedure for annotating prokaryotic metagenomic shotgun sequencing data.
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DOI：
10.4056/sigs.651139
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发表时间：
2010-03-30
影响因子：
--
通讯作者：
Yooseph S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tanenbaum DM;Goll J;Murphy S;Kumar P;Zafar N;Thiagarajan M;Madupu R;Davidsen T;Kagan L;Kravitz S;Rusch DB;Yooseph S
JCVI宏基因组分析管道为原核生物取样群落的霰弹枪宏基因组测序数据提供了高效和一致的注释。该过程可以同样适用于从传统的Sanger毛细管电泳序列，较新的技术，如454焦磷酸测序，或从一个或多个这些数据类型衍生的序列组装的单个序列读取。它包括对编码基因和非编码基因的分析，无论是全长基因还是片段基因（霰弹枪宏基因组学通常采用的方法）。该系统旨在提供最佳支持的保守功能注释，该注释基于可信的基于同源的科学证据和计算断言的组合，以及通过广泛的手动管理建立的注释值层次结构。该系统分配的功能注释属性包括基因名称、基因符号、GO术语、EC编号和JCVI功能角色类别。
The JCVI metagenomics analysis pipeline provides for the efficient and consistent annotation of shotgun metagenomics sequencing data for sampling communities of prokaryotic organisms. The process can be equally applied to individual sequence reads from traditional Sanger capillary electrophoresis sequences, newer technologies such as 454 pyrosequencing, or sequence assemblies derived from one or more of these data types. It includes the analysis of both coding and non-coding genes, whether full-length or, as is often the case for shotgun metagenomics, fragmentary. The system is designed to provide the best-supported conservative functional annotation based on a combination of trusted homology-based scientific evidence and computational assertions and an annotation value hierarchy established through extensive manual curation. The functional annotation attributes assigned by this system include gene name, gene symbol, GO terms, EC numbers, and JCVI functional role categories.
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作者：
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