PeakSeq enables systematic scoring of ChIP-seq experiments relative to controls.
PeakSeq enables systematic scoring of ChIP-seq experiments relative to controls.
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DOI：
10.1038/nbt.1518
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发表时间：
2009-01
影响因子：
46.9
通讯作者：
Gerstein, Mark B.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rozowsky, Joel;Euskirchen, Ghia;Auerbach, Raymond K.;Zhang, Zhengdong D.;Gibson, Theodore;Bjornson, Robert;Carriero, Nicholas;Snyder, Michael;Gerstein, Mark B.
利用高通量新一代仪器进行的染色质免疫沉淀结合标签测序（ChIP - Seq）正在取代ChIP - chip，用于绘制转录因子结合位点和染色质修饰图谱。为了给这种新技术开发一种评分方法，我们针对人类RNA聚合酶II和STAT1生成了两个深度测序数据集，并配有匹配的输入DNA对照。在这些数据中，我们观察到与潜在结合位点相对应的信号峰与对照中的峰密切相关，这可能揭示了开放染色质的特征。基于这些观察结果，我们开发了一种相对于对照对ChIP - Seq进行评分的两步法。第一步确定假定的结合位点，并对序列可映射性的基因组变异进行补偿。第二步筛选出与标准化对照相比未显著富集的位点，计算精确的富集度和显著性。利用我们的评分方法，我们研究了最佳实验设计——即测序深度和重复次数的价值（结果显示超过两次重复所获得的信息增量很小）。
Chromatin immunoprecipitation followed by tag sequencing (ChIP-Seq) using high-throughput next-generation instrumentation is replacing ChIP-chip for mapping of sites of transcription-factor binding and chromatin modification. To develop a scoring approach for this new technique, we produce two deeply sequenced datasets for human RNA polymerase II and STAT1 with matching input-DNA controls. In these, we observe that signal peaks corresponding to sites of potential binding are strongly correlated with peaks in the control, likely revealing features of open chromatin. Based on these observations, we develop a two-pass approach for scoring ChIP-Seq relative to controls. The first pass identifies putative binding sites and compensates for genomic variation in the mappability of sequences. The second pass filters sites not significantly enriched compared to the normalized control, computing precise enrichments and significances. Using our scoring we investigate optimal experimental design – i.e. depth of sequencing and value of replicas (showing marginal information gain beyond two).
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影响因子：
64.5
作者：
Cawley, S;Bekiranov, S;Gingeras, TR
通讯作者：
Gingeras, TR
影响因子：
5.8
作者：
Royce, Thomas E.;Rozowsky, Joel S.;Gerstein, Mark B.
通讯作者：
Gerstein, Mark B.
DOI：
10.1111/1467-9868.00346
发表时间：
2002-01-01
影响因子：
5.8
作者：
Storey, JD
通讯作者：
Storey, JD
影响因子：
12.3
作者：
Zhang ZD;Rozowsky J;Lam HY;Du J;Snyder M;Gerstein M
通讯作者：
Gerstein M
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y