ClinicalOmicsDB: exploring molecular associations of oncology drug responses in clinical trials.
ClinicalOmicsDB: exploring molecular associations of oncology drug responses in clinical trials.
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ClinicalOmicsDB：探索临床试验中肿瘤药物反应的分子相关性。
DOI：
10.1093/nar/gkad871
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发表时间：
2024-01-05
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zhang B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Moon CI;Elizarraras JM;Lei JT;Jia B;Zhang B
将患者与最佳治疗相匹配是具有挑战性的，部分原因是用于预测性生物标志物鉴定的真实临床数据集的可用性有限。组学分析与临床试验的日益整合为解决这一挑战提供了新的机会。在这里，我们介绍ClinicalOmicsDB，一个用于探索临床试验中肿瘤药物反应的分子关联的web应用程序。该数据库包括来自40项临床试验研究的转录组学数据，涉及11种癌症类型的5913名患者。这些研究包括67个治疗组，包括各种化疗、靶向治疗和免疫治疗药物及其组合，我们根据已建立的本体进行组织，以便于导航。该网络应用程序为用户提供了三种选择，以探索肿瘤药物反应的分子关联，分别关注研究、治疗或基因。基因集分析进一步将治疗反应与途径活性和肿瘤微环境属性联系起来。ClinicalOmicsDB用户友好的web界面简化了交互分析。基于rust的后端加快了响应时间，应用程序编程接口和R包支持编程访问。我们使用三个案例研究来证明这种资源在人类癌症研究中的效用。ClinicalOmicsDB可在http://trials.linkedomics.org/免费下载。
Matching patients to optimal treatment is challenging, in part due to the limited availability of real-world clinical datasets for predictive biomarker identification. The growing integration of omics profiling into clinical trials presents a new opportunity to tackle this challenge. Here, we introduce ClinicalOmicsDB, a web application for exploring molecular associations of oncology drug responses in clinical trials. This database includes transcriptomic data from 40 clinical trial studies, with 5913 patients spanning 11 cancer types. These studies include 67 treatment arms with a variety of chemotherapy, targeted therapy and immunotherapy drugs, and their combinations, which we organize based on an established ontology for easier navigation. The web application provides users with three options to explore molecular associations of oncology drug responses, focusing on studies, treatments or genes, respectively. Gene set analysis further connects treatment response to pathway activity and tumor microenvironment attributes. The user-friendly web interface of ClinicalOmicsDB streamlines interactive analysis. A Rust-based backend speeds up response time, and application programming interfaces and an R package enable programmatic access. We use three case studies to demonstrate the utility of this resource in human cancer studies. ClinicalOmicsDB is freely available at http://trials.linkedomics.org/.
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影响因子：
14.9
作者：
Gene Ontology Consortium
通讯作者：
Gene Ontology Consortium
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作者：
Racle J;de Jonge K;Baumgaertner P;Speiser DE;Gfeller D
通讯作者：
Gfeller D
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作者：
Eisenhauer, E. A.;Therasse, P.;Verweij, J.
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Verweij, J.
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作者：
Martens M;Ammar A;Riutta A;Waagmeester A;Slenter DN;Hanspers K;A Miller R;Digles D;Lopes EN;Ehrhart F;Dupuis LJ;Winckers LA;Coort SL;Willighagen EL;Evelo CT;Pico AR;Kutmon M
通讯作者：
Kutmon M
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作者：
Zhu S;Zhang T;Zheng L;Liu H;Song W;Liu D;Li Z;Pan CX
通讯作者：
Pan CX