PairMotifChIP: A Fast Algorithm for Discovery of Patterns Conserved in Large ChIP-seq Data Sets.
PairMotifChIP: A Fast Algorithm for Discovery of Patterns Conserved in Large ChIP-seq Data Sets.
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PairMotifChIP：一种用于发现大型 ChIP-seq 数据集中保守模式的快速算法
DOI：
10.1155/2016/4986707
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发表时间：
2016
影响因子：
--
通讯作者：
Feng D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yu Q;Huo H;Feng D
识别DNA序列中的保守模式，即基序发现，是一项重要而具有挑战性的计算任务。高通量测序数据集包含数百个或更多的序列，有助于提高motif发现的识别精度，但对计算性能的要求更高。为了有效地识别大型DNA数据集中的基序，提出了一种新的算法PairMotifChIP，该算法通过提取和组合输入中相对较小的汉明距离的l-mers对。特别设计了一种快速提取l-mers对的方法，该方法不仅可用于PairMotifChIP，也可用于其他具有相同需求的DNA数据挖掘任务。仿真数据实验结果表明，该算法能够成功地找到基序，且运行速度快于现有的基序发现算法。通过实际数据验证了该算法的有效性。
Identifying conserved patterns in DNA sequences, namely, motif discovery, is an important and challenging computational task. With hundreds or more sequences contained, the high-throughput sequencing data set is helpful to improve the identification accuracy of motif discovery but requires an even higher computing performance. To efficiently identify motifs in large DNA data sets, a new algorithm called PairMotifChIP is proposed by extracting and combining pairs of l-mers in the input with relatively small Hamming distance. In particular, a method for rapidly extracting pairs of l-mers is designed, which can be used not only for PairMotifChIP, but also for other DNA data mining tasks with the same demand. Experimental results on the simulated data show that the proposed algorithm can find motifs successfully and runs faster than the state-of-the-art motif discovery algorithms. Furthermore, the validity of the proposed algorithm has been verified on real data.
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