A comprehensive overview of Infinium HumanMethylation450 data processing.
A comprehensive overview of Infinium HumanMethylation450 data processing.
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DOI：
10.1093/bib/bbt054
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发表时间：
2014-11
影响因子：
9.5
通讯作者：
Fuks F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dedeurwaerder S;Defrance M;Bizet M;Calonne E;Bontempi G;Fuks F
Infinium HumanMethylation450微珠阵列是一种用于探索健康和疾病中DNA甲基化的流行技术，目前该技术的使用呈爆炸式增长。尽管从基因表达微阵列中获得了经验，但分析Infinium甲基化阵列似乎比最初想象的更复杂，并且遇到了一些困难，因为这些阵列显示了在数据处理过程中需要考虑的特定特征。在这里，我们回顾了科学界强调的几个问题，并概述了一般的数据处理方案，并对迄今为止可用的不同标准化方法进行了评估，以指导45万用户进行分析和数据解释。
Infinium HumanMethylation450 beadarray is a popular technology to explore DNA methylomes in health and disease, and there is a current explosion in the use of this technique. Despite experience acquired from gene expression microarrays, analyzing Infinium Methylation arrays appeared more complex than initially thought and several difficulties have been encountered, as those arrays display specific features that need to be taken into consideration during data processing. Here, we review several issues that have been highlighted by the scientific community, and we present an overview of the general data processing scheme and an evaluation of the different normalization methods available to date to guide the 450K users in their analysis and data interpretation.
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影响因子：
3.7
作者：
Marabita F;Almgren M;Lindholm ME;Ruhrmann S;Fagerström-Billai F;Jagodic M;Sundberg CJ;Ekström TJ;Teschendorff AE;Tegnér J;Gomez-Cabrero D
通讯作者：
Gomez-Cabrero D
影响因子：
4.4
作者：
Bibikova, Marina;Barnes, Bret;Shen, Richard
通讯作者：
Shen, Richard
影响因子：
3.8
作者：
Dedeurwaerder, Sarah;Defrance, Matthieu;Fuks, Francois
通讯作者：
Fuks, Francois
DOI：
10.1073/pnas.091062498
发表时间：
2001-04-24
影响因子：
11.1
作者：
Tusher, VG;Tibshirani, R;Chu, G
通讯作者：
Chu, G
影响因子：
1.8
作者：
Roessler J;Ammerpohl O;Gutwein J;Hasemeier B;Anwar SL;Kreipe H;Lehmann U
通讯作者：
Lehmann U