SECISaln, a web-based tool for the creation of structure-based alignments of eukaryotic SECIS elements.
SECISaln, a web-based tool for the creation of structure-based alignments of eukaryotic SECIS elements.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp020
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发表时间：
2009-03-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Krol A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chapple CE;Guigó R;Krol A
硒蛋白含有第21个氨基酸硒代半胱氨酸，其由框内UGA密码子编码，通常读作终止。在真核生物中，其共翻译重编码需要RNA茎环结构的存在，即硒蛋白mRNA的3个非翻译区（UTR）中的SECIS元件。尽管几乎没有序列保守性，SECIS元件共享相同的总体二级结构。直到最近，缺乏显着高数量的硒蛋白mRNA序列阻碍了其他潜在的序列保守的鉴定。在这项工作中，基于网络的工具SECISaln第一次提供了广泛的SECIS元件的基于结构的序列比对，这是由于SECIS RNA的二级结构明确，真核硒蛋白质组的大小增加。我们已经使用SECISaln，以提高我们的SECIS二级结构的知识，并发现新的，保守的核苷酸位置，我们相信这将是一个有用的工具，硒蛋白和RNA科学界。可用性：SECISaln作为一个基于Web的工具在http://genome.crg.es/software/secisaln/上免费提供。联系方式：charles. crg.es补充信息：补充数据可在生物信息学在线获得。
Summary: Selenoproteins contain the 21st amino acid selenocysteine which is encoded by an inframe UGA codon, usually read as a stop. In eukaryotes, its co-translational recoding requires the presence of an RNA stem–loop structure, the SECIS element in the 3 untranslated region of (UTR) selenoprotein mRNAs. Despite little sequence conservation, SECIS elements share the same overall secondary structure. Until recently, the lack of a significantly high number of selenoprotein mRNA sequences hampered the identification of other potential sequence conservation. In this work, the web-based tool SECISaln provides for the first time an extensive structure-based sequence alignment of SECIS elements resulting from the well-defined secondary structure of the SECIS RNA and the increased size of the eukaryotic selenoproteome. We have used SECISaln to improve our knowledge of SECIS secondary structure and to discover novel, conserved nucleotide positions and we believe it will be a useful tool for the selenoprotein and RNA scientific communities. Availability: SECISaln is freely available as a web-based tool at http://genome.crg.es/software/secisaln/. Contact: charles.chapple@crg.es Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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作者：
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Krol, A
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作者：
Kryukov, GV;Castellano, S;Gladyshev, VN
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DOI：
10.1073/pnas.0610683104
发表时间：
2007-05-08
影响因子：
11.1
作者：
Novoselov, Sergey V.;Lobanov, Alexey V.;Gladyshev, Vadim N.
通讯作者：
Gladyshev, Vadim N.