Attenuated Codon Optimality Contributes to Neural-Specific mRNA Decay in Drosophila.
Attenuated Codon Optimality Contributes to Neural-Specific mRNA Decay in Drosophila.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2018.07.039
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发表时间：
2018-08-14
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Cleary MD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Burow DA;Martin S;Quail JF;Alhusaini N;Coller J;Cleary MD
组织特异性mRNA稳定性对于细胞命运和生理学非常重要，但所涉及的机制尚未完全了解。我们发现果蝇合子mRNA的稳定性与密码子含量相关：最佳密码子富含与代谢功能（如翻译）相关的稳定转录本，而非最佳密码子富含不稳定转录本，包括与神经发育相关的转录本。生物信息学分析和报告基因分析显示，类似的密码子在神经系统和其他组织中稳定或不稳定mRNA，但密码子含量和稳定性之间的联系在神经系统中减弱。我们证实了最佳密码子由丰富的tRNA解码，而非最佳密码子由胚胎和神经系统中丰度较低的tRNA解码。我们的结论是，密码子优化是合子mRNA稳定性的一般决定因素，和衰减的密码子优化允许反式作用因子发挥更大的影响，在神经系统中的mRNA衰变。Burow等人报道，密码子最优性是果蝇胚胎合子mRNA稳定性的一般决定因素，但在神经系统中密码子和稳定性之间的联系很弱。生物信息学，报告转录测定和tRNA定量表明，密码子最优性的衰减建立neuralspecific mRNA衰变。
Tissue-specific mRNA stability is important for cell fate and physiology, but the mechanisms involved are not fully understood. We found that zygotic mRNA stability in Drosophila correlates with codon content: optimal codons are enriched in stable transcripts associated with metabolic functions like translation, while non-optimal codons are enriched in unstable transcripts, including those associated with neural development. Bioinformatic analyses and reporter assays revealed that similar codons stabilize or destabilize mRNAs in the nervous system and other tissues, but the link between codon content and stability is attenuated in the nervous system. We confirmed that optimal codons are decoded by abundant tRNAs while non-optimal codons are decoded by less abundant tRNAs in embryos and in the nervous system. We conclude that codon optimality is a general determinant of zygotic mRNA stability, and attenuation of codon optimality allows trans-acting factors to exert greater influence over mRNA decay in the nervous system. Burow et al. report that codon optimality is a general determinant of zygotic mRNA stability in Drosophila embryos, but the link between codons and stability is weak in the nervous system. Bioinformatics, reporter transcript assays, and tRNA quantitation show that the attenuation of codon optimality establishes neuralspecific mRNA decay.
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DOI：
10.1073/pnas.96.8.4482
发表时间：
1999-04-13
影响因子：
11.1
作者：
Duret, L;Mouchiroud, D
通讯作者：
Mouchiroud, D
DOI：
10.1073/pnas.94.15.7784
发表时间：
1997-07-22
影响因子：
11.1
作者：
Powell, JR;Moriyama, EN
通讯作者：
Moriyama, EN
影响因子：
3.6
作者：
Burow DA;Umeh-Garcia MC;True MB;Bakhaj CD;Ardell DH;Cleary MD
通讯作者：
Cleary MD
影响因子：
64.5
作者：
Radhakrishnan A;Chen YH;Martin S;Alhusaini N;Green R;Coller J
通讯作者：
Coller J
影响因子：
64.5
作者：
McMahon, Aoife C.;Rahman, Reazur;Jin, Hua;Shen, James L.;Fieldsend, Allegra;Luo, Weifei;Rosbash, Michael
通讯作者：
Rosbash, Michael