The mysterious evolutionary origin for the GNE gene and the root of bilateria.
The mysterious evolutionary origin for the GNE gene and the root of bilateria.
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DOI：
10.1093/molbev/msr142
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发表时间：
2011-11
影响因子：
10.7
通讯作者：
Ruiz-Trillo I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
de Mendoza A;Ruiz-Trillo I
系统基因组学分析揭示了几个重要的后生动物分支，如蜕皮动物和Lophotrochozoa。然而，一些分类群的系统发育位置，如栉水母，毛颚类，acoelomorphs和Xenoturbella仍然存在争议。因此，定性标记或“罕见的基因组变化”的发现似乎是理想的独立测试以前的系统发育假说。我们在这里描述了一种罕见的基因组变化，基因UDP-GlcNAc 2-差向异构酶/N-乙酰甘露糖胺激酶（GNE）的存在。我们发现，GNE编码的基因组中的后口动物，acoelomorphs和Xenoturbella，而它是缺席的原口动物和非bilaterians。此外，GNE具有复杂的进化起源，涉及独特的横向基因转移事件和/或每个蛋白质结构域的广泛隐藏的旁系。然而，而不是使用GNE作为系统发育特征，我们认为，罕见的基因组变化，如这里提出的一个应谨慎使用。
Phylogenomic analyses have revealed several important metazoan clades, such as the Ecdysozoa and the Lophotrochozoa. However, the phylogenetic position of a few taxa, such as ctenophores, chaetognaths, acoelomorphs, and Xenoturbella remain contentious. Thus, the finding of qualitative markers or “Rare Genomic Changes” seem ideal to independently test previous phylogenetic hypotheses. We here describe a rare genomic change, the presence of the gene UDP-GlcNAc 2-epimerase/N-acetylmannosamine kinase (GNE). We show that GNE is encoded in the genomes of deuterostomes, acoelomorphs and Xenoturbella while it is absent in protostomes and non-bilaterians. Moreover, the GNE has a complex evolutionary origin involving unique lateral gene transfer events and/or extensive hidden paralogy for each protein domain. However, rather than using GNE as a phylogenetic character, we argue that rare genomic changes such as the one presented here should be used with caution.
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