IsoAnalytics: a single-cell proteomics web server.
IsoAnalytics: a single-cell proteomics web server.
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DOI：
10.1093/bioadv/vbad077
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发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zhan, Xiaowei
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Palmer, Suzette N.;Koh, Andrew Y.;Zhan, Xiaowei
单细胞蛋白质组学为研究生物过程提供了前所未有的分辨率。定制的数据分析和简单的数据可视化对于科学发现至关重要。此外，一般科学界易于使用的用户友好型数据分析和可视化软件也至关重要。我们创建了一个Web服务器IsoAnalytics，使没有计算或生物信息学背景的用户能够直接分析和交互式可视化从Isoplexis单细胞技术平台获得的数据。我们设想这个开源的Web服务器将提高研究效率，并作为单细胞蛋白质组学研究的免费，有竞争力的替代品。IsoAnalytics是免费的，可在https://cdc.biohpc.swmed.edu/isoplexis/上获得，并在Python中实现，支持所有主要浏览器。IsoAnalytics的代码是免费的，可在https://github.com/zhanxw/Isoplexis_Data_Analysis上获得。 补充数据可在Bioinformatics Advances在线获得。
Single-cell proteomics provide unprecedented resolution to examine biological processes. Customized data analysis and facile data visualization are crucial for scientific discovery. Further, user-friendly data analysis and visualization software that is easily accessible for the general scientific community is essential. We have created a web server, IsoAnalytics, that gives users without computational or bioinformatics background the ability to directly analyze and interactively visualize data obtained from the Isoplexis single cell technology platform. We envision this open-sourced web server will increase research productivity and serve as a free, competitive alternative for single-cell proteomics research. IsoAnalytics is free and available at: https://cdc.biohpc.swmed.edu/isoplexis/ and is implemented in Python, with all major browsers supported. Code for IsoAnalytics is free and available at: https://github.com/zhanxw/Isoplexis_Data_Analysis. Supplementary data are available at Bioinformatics Advances online.
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