Bacterial metatranscriptomes in wastewater can differentiate virally infected human populations
Bacterial metatranscriptomes in wastewater can differentiate virally infected human populations
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废水中的细菌宏转录组可以区分病毒感染的人群
DOI：
10.1101/2022.02.23.481658
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kalen Cantrell
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rodolfo A Salido;Cameron Martino;Smruthi Karthikeyan;Shi Huang;Gibraan Rahman;Antonio Gonzalez;Livia S. Zaramela;Kristen L Beck;Shrikant Bhute;Kalen Cantrell
以建筑物级别的分辨率监测废水样本，对大量人群进行SARS-CoV-2筛查，优先进行测试和隔离工作。在这里，我们对加州大学圣地亚哥分校10个地点的富含病毒的废水样本进行了无针对性的变转录分析，表明即使没有直接检测到病毒转录本，由此产生的细菌分类和功能图谱也可以区分SARS-CoV-2状态。我们的原则证明通过人类微生物组的变化揭示了紧急威胁，为基于废水的非靶向流行病学提出了新的方法。
Monitoring wastewater samples at building-level resolution screens large populations for SARS-CoV-2, prioritizing testing and isolation efforts. Here we perform untargeted metatranscriptomics on virally-enriched wastewater samples from 10 locations on the UC San Diego campus, demonstrating that resulting bacterial taxonomic and functional profiles discriminate SARS-CoV-2 status even without direct detection of viral transcripts. Our proof-of-principle reveals emergent threats through changes in the human microbiome, suggesting new approaches for untargeted wastewater-based epidemiology.
DOI：
10.1101/2021.04.04.438427
发表时间：
2021-04
期刊：
bioRxiv
影响因子：
--
作者：
Qiyun Zhu;Shi Huang;Antonio Gonzalez;Imran McGrath;Daniel McDonald;N. Haiminen;George Armstrong;Y. Vázquez-Baeza;Julian Yu;Justin Kuczynski;G. D. Sepich-Poore;Austin D. Swafford;Promi Das;Justin P. Shaffer;F. Lejzerowicz;P. Belda-Ferre;A. Havulinna;G. Méric;T. Niiranen;L. Lahti;V. Salomaa;Ho-Cheol Kim;Mohit Jain;M. Inouye;J. Gilbert;R. Knight
通讯作者：
Qiyun Zhu;Shi Huang;Antonio Gonzalez;Imran McGrath;Daniel McDonald;N. Haiminen;George Armstrong;Y. Vázquez-Baeza;Julian Yu;Justin Kuczynski;G. D. Sepich-Poore;Austin D. Swafford;Promi Das;Justin P. Shaffer;F. Lejzerowicz;P. Belda-Ferre;A. Havulinna;G. Méric;T. Niiranen;L. Lahti;V. Salomaa;Ho-Cheol Kim;Mohit Jain;M. Inouye;J. Gilbert;R. Knight
影响因子：
46.9
作者：
Martino C;Shenhav L;Marotz CA;Armstrong G;McDonald D;Vázquez-Baeza Y;Morton JT;Jiang L;Dominguez-Bello MG;Swafford AD;Halperin E;Knight R
通讯作者：
Knight R