Context-aware dimensionality reduction deconvolutes gut microbial community dynamics.
Context-aware dimensionality reduction deconvolutes gut microbial community dynamics.
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DOI：
10.1038/s41587-020-0660-7
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发表时间：
2021-03
影响因子：
46.9
通讯作者：
Knight R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Martino C;Shenhav L;Marotz CA;Armstrong G;McDonald D;Vázquez-Baeza Y;Morton JT;Jiang L;Dominguez-Bello MG;Swafford AD;Halperin E;Knight R
人类微生物组研究的翻译能力受到高度个体差异的限制。我们描述了一种降维工具，成分张量分解(CTF)，它结合了来自同一宿主的信息，跨多个样本，以揭示驱动不同表型微生物组成差异的模式。CTF在稀疏的成分数据集中识别稳健的模式，允许检测与特定表型相关的微生物变化，这些变化可在数据集中重现。
The translational power of human microbiome studies is limited by high inter-individual variation. We describe a dimensionality reduction tool, compositional tensor factorization (CTF), that incorporates information from the same host, across multiple samples, to reveal patterns driving differences in microbial composition across phenotypes. CTF identifies robust patterns in sparse, compositional datasets, allowing for the detection of microbial changes associated with specific phenotypes that are reproducible across datasets.
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影响因子：
17.1
作者：
Yassour M;Vatanen T;Siljander H;Hämäläinen AM;Härkönen T;Ryhänen SJ;Franzosa EA;Vlamakis H;Huttenhower C;Gevers D;Lander ES;Knip M;DIABIMMUNE Study Group;Xavier RJ
通讯作者：
Xavier RJ
影响因子：
4.4
作者：
Lauber, Christian L.;Hamady, Micah;Fierer, Noah
通讯作者：
Fierer, Noah
影响因子：
6.4
作者：
McDonald D;Hyde E;Debelius JW;Morton JT;Gonzalez A;Ackermann G;Aksenov AA;Behsaz B;Brennan C;Chen Y;DeRight Goldasich L;Dorrestein PC;Dunn RR;Fahimipour AK;Gaffney J;Gilbert JA;Gogul G;Green JL;Hugenholtz P;Humphrey G;Huttenhower C;Jackson MA;Janssen S;Jeste DV;Jiang L;Kelley ST;Knights D;Kosciolek T;Ladau J;Leach J;Marotz C;Meleshko D;Melnik AV;Metcalf JL;Mohimani H;Montassier E;Navas-Molina J;Nguyen TT;Peddada S;Pevzner P;Pollard KS;Rahnavard G;Robbins-Pianka A;Sangwan N;Shorenstein J;Smarr L;Song SJ;Spector T;Swafford AD;Thackray VG;Thompson LR;Tripathi A;Vázquez-Baeza Y;Vrbanac A;Wischmeyer P;Wolfe E;Zhu Q;American Gut Consortium;Knight R
通讯作者：
Knight R
影响因子：
17.1
作者：
Bokulich NA;Chung J;Battaglia T;Henderson N;Jay M;Li H;D Lieber A;Wu F;Perez-Perez GI;Chen Y;Schweizer W;Zheng X;Contreras M;Dominguez-Bello MG;Blaser MJ
通讯作者：
Blaser MJ
DOI：
10.1038/ismej.2011.139
发表时间：
2012-03
期刊：
The ISME journal
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
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