Transcriptome analysis provides critical answers to the "variants of uncertain significance" conundrum.
Transcriptome analysis provides critical answers to the "variants of uncertain significance" conundrum.
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DOI：
10.1002/humu.24394
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发表时间：
2022-11
期刊：
影响因子：
3.9
通讯作者：
Craig, David W.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Postel, Mackenzie D.;Culver, Julie O.;Ricker, Charite;Craig, David W.
关键词：
虽然全基因组和外显子组测序改变了我们对遗传学在疾病发病机制中作用的集体理解，但在某些情况和人群中，DNA 水平数据无法确定潜在的遗传病因。具体来说，非白人和非欧洲血统的患者受到“未知/不确定意义的变异”(VUS) 的影响尤为严重，限制了针对少数族裔患者的精准医疗范围，并使健康差异长期存在。 VUS 通常包括深层内含子和剪接变异，仅凭 DNA 数据很难解释这些变异。 RNA 分析可以阐明 VUS 的后果，从而将其重新分类为致病性与良性。在这里，我们回顾转录组分析在阐明肿瘤和非肿瘤疾病中 VUS 方面所发挥的关键作用。 RNA 数据揭示了分子证据的尺度，阐明了变异的良性或致病性。
While whole‐genome and exome sequencing have transformed our collective understanding of genetics' role in disease pathogenesis, there are certain conditions and populations for whom DNA‐level data fails to identify the underlying genetic etiology. Specifically, patients of non‐White race and non‐European ancestry are disproportionately affected by “variants of unknown/uncertain significance” (VUS), limiting the scope of precision medicine for minority patients and perpetuating health disparities. VUS often include deep intronic and splicing variants which are difficult to interpret from DNA data alone. RNA analysis can illuminate the consequences of VUS, thereby allowing for their reclassification as pathogenic versus benign. Here we review the critical role transcriptome analysis plays in clarifying VUS in both neoplastic and non‐neoplastic diseases. RNA data tips the scales of molecular evidence, clarifying variants as benign or pathogenic.
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