A locally convoluted cluster model for nucleosome positioning signals in chemical map.
A locally convoluted cluster model for nucleosome positioning signals in chemical map.
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化学图中核小体定位信号的局部卷积聚类模型。
DOI：
10.1080/01621459.2013.862169
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发表时间：
2014-01-01
影响因子：
3.7
通讯作者：
Wang JP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xi L;Brogaard K;Zhang Q;Lindsay B;Widom J;Wang JP
核小体是真核细胞中DNA的基本包装单位，其定位对基因表达和染色体功能的调控起着关键作用。使用最近开发的化学作图方法，核小体可以潜在地以前所未有的单碱基对分辨率进行作图。然而，由于细胞混合或细胞动力学而存在重叠的核小体，导致核小体定位信号的卷积。在本文中，我们介绍了一个局部卷积聚类模型和最大似然反卷积方法，并说明了这种方法的有效性在定量的核小体位置信号的化学作图数据。
Nucleosome is the fundamental packing unit of DNA in eukaryotic cells, and its positioning plays a critical role in regulation of gene expression and chromosome functions. Using a recently developed chemical mapping method, nucleosomes can be potentially mapped with an unprecedented single-base-pair resolution. Existence of overlapping nucleosomes due to cell mixture or cell dynamics, however, causes convolution of nucleosome positioning signals. In this paper, we introduce a locally convoluted cluster model and a maximum likelihood deconvolution approach, and illustrate the effectiveness of this approach in quantification of the nucleosome positional signal in the chemical mapping data.
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