The Pacific Ocean virome (POV): a marine viral metagenomic dataset and associated protein clusters for quantitative viral ecology.
The Pacific Ocean virome (POV): a marine viral metagenomic dataset and associated protein clusters for quantitative viral ecology.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0057355
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Sullivan MB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hurwitz BL;Sullivan MB
细菌及其病毒（噬菌体）是许多生态系统过程的基本驱动力，包括全球生物地球化学和水平基因转移。虽然用于研究未培养细菌群落功能的数据库和资源相对先进，但其病毒对应物的数据库和资源却很少。这个问题在很大程度上是技术性的，因为大多数（通常90%）的病毒序列在功能上是“未知的”，这使得病毒成为一种几乎未开发的功能和生理信息资源。在这里，我们提供了一个社区资源，将这个未知的序列空间组织成27 K高置信度蛋白质簇，使用来自太平洋四个海洋地理区域的32个病毒宏基因组，这些区域因季节，深度和与陆地的接近程度而异，并包括一些第一个深海海洋病毒宏基因组。这些蛋白质簇是目前可用的病毒蛋白质簇的两倍多，包括来自环境数据集的那些。此外，蛋白质簇引导的功能多样性分析显示，丰富度降低（i）从深到表面沃茨，（ii）从冬季到夏季，（iii）和与海岸的距离在表面沃茨。这些数据提供了一个框架，从中可以借鉴未来的元数据功能查询的巨大病毒未知。
Bacteria and their viruses (phage) are fundamental drivers of many ecosystem processes including global biogeochemistry and horizontal gene transfer. While databases and resources for studying function in uncultured bacterial communities are relatively advanced, many fewer exist for their viral counterparts. The issue is largely technical in that the majority (often 90%) of viral sequences are functionally ‘unknown’ making viruses a virtually untapped resource of functional and physiological information. Here, we provide a community resource that organizes this unknown sequence space into 27 K high confidence protein clusters using 32 viral metagenomes from four biogeographic regions in the Pacific Ocean that vary by season, depth, and proximity to land, and include some of the first deep pelagic ocean viral metagenomes. These protein clusters more than double currently available viral protein clusters, including those from environmental datasets. Further, a protein cluster guided analysis of functional diversity revealed that richness decreased (i) from deep to surface waters, (ii) from winter to summer, (iii) and with distance from shore in surface waters only. These data provide a framework from which to draw on for future metadata-enabled functional inquiries of the vast viral unknown.
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