A conformation ensemble approach to protein residue-residue contact.
A conformation ensemble approach to protein residue-residue contact.
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DOI：
10.1186/1472-6807-11-38
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发表时间：
2011-10-12
影响因子：
--
通讯作者：
Cheng J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Eickholt J;Wang Z;Cheng J
蛋白质残基-残基接触预测是蛋白质模型生成和模型评价的重要内容。本文提出了一种改进残渣接触预测的构象集成方法。我们收集了许多来自各种方法和实现的结构模型。不同的模型捕捉到稍微不同的构象，并包含互补的信息，这些信息可以汇集在一起捕捉到循环的，因此更有可能是残基-残基接触。我们将我们的构象集成方法应用于CASP8和CASP9的自由建模目标。给定不同的模型集合，该方法能够达到的精度为。48为顶级L/5中程触点和。36为顶部L/5 CASP8靶标的远程接触（L为靶标结构域长度）。当应用于来自CASP9的目标时，前L/5中远程接触预测的准确性为。34和。分别为30。当对中等多样性的模型集合进行操作时，构象集合方法是识别中远程残馀接触的有效手段。该方法的一个直接好处是，当与评分方案结合使用时，它可以用来成功地对模型进行排名。
Protein residue-residue contact prediction is important for protein model generation and model evaluation. Here we develop a conformation ensemble approach to improve residue-residue contact prediction. We collect a number of structural models stemming from a variety of methods and implementations. The various models capture slightly different conformations and contain complementary information which can be pooled together to capture recurrent, and therefore more likely, residue-residue contacts. We applied our conformation ensemble approach to free modeling targets from both CASP8 and CASP9. Given a diverse ensemble of models, the method is able to achieve accuracies of. 48 for the top L/5 medium range contacts and. 36 for the top L/5 long range contacts for CASP8 targets (L being the target domain length). When applied to targets from CASP9, the accuracies of the top L/5 medium and long range contact predictions were. 34 and. 30 respectively. When operating on a moderately diverse ensemble of models, the conformation ensemble approach is an effective means to identify medium and long range residue-residue contacts. An immediate benefit of the method is that when tied with a scoring scheme, it can be used to successfully rank models.
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一种两阶段的方法，用于改善残留接触图的预测。
影响因子：
3
作者：
Vullo, Alessandro;Walsh, Ian;Pollastri, Gianluca
通讯作者：
Pollastri, Gianluca
影响因子：
14.9
作者：
Tegge AN;Wang Z;Eickholt J;Cheng J
通讯作者：
Cheng J
影响因子：
2.9
作者：
Vicatos, S;Reddy, BVB;Kaznessis, Y
通讯作者：
Kaznessis, Y
DOI：
10.1073/pnas.0906514106
发表时间：
2009-08-18
影响因子：
11.1
作者：
Kliger, Yossef;Levy, Ofer;Borukhov, Itamar
通讯作者：
Borukhov, Itamar
影响因子：
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作者：
Ashkenazy, Haim;Unger, Ron;Kliger, Yossef
通讯作者：
Kliger, Yossef