AUGUSTUS: a web server for gene prediction in eukaryotes that allows user-defined constraints.
AUGUSTUS: a web server for gene prediction in eukaryotes that allows user-defined constraints.
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DOI：
10.1093/nar/gki458
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发表时间：
2005-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Morgenstern B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stanke M;Morgenstern B
我们提出了一个WWW服务器的AUGUSTUS，一个软件的基因预测在真核生物基因组序列，是基于广义隐马尔可夫模型，一个概率模型的序列及其基因结构。网络服务器允许用户对预测的基因结构施加约束。约束可以指定剪接位点、翻译起始位点或终止密码子的位置。此外，可以指定已知外显子的位置和已知为外显子或内含子序列的间隔。约束的数量是任意的，并且可以组合约束以确定预测基因结构的较大部分。如果存在这样的基因结构，则结果是符合所有给定用户约束的最有可能的基因结构。当基因结构的一部分是已知的，例如通过表达的序列标签或蛋白质序列比对，或者如果用户想要改变默认预测，则约束的指定是有用的。网页界面和可下载的独立程序可免费下载，网址为。
We present a WWW server for AUGUSTUS, a software for gene prediction in eukaryotic genomic sequences that is based on a generalized hidden Markov model, a probabilistic model of a sequence and its gene structure. The web server allows the user to impose constraints on the predicted gene structure. A constraint can specify the position of a splice site, a translation initiation site or a stop codon. Furthermore, it is possible to specify the position of known exons and intervals that are known to be exonic or intronic sequence. The number of constraints is arbitrary and constraints can be combined in order to pin down larger parts of the predicted gene structure. The result then is the most likely gene structure that complies with all given user constraints, if such a gene structure exists. The specification of constraints is useful when part of the gene structure is known, e.g. by expressed sequence tag or protein sequence alignments, or if the user wants to change the default prediction. The web interface and the downloadable stand-alone program are available free of charge at .
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