GeoBoost2: a natural languageprocessing pipeline for GenBank metadata enrichment for virus phylogeography.
GeoBoost2: a natural languageprocessing pipeline for GenBank metadata enrichment for virus phylogeography.
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GeoBoost2：一个用于病毒地理学的GenBank元数据富集的自然语言处理管道。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btaa647
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发表时间：
2020-12-22
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Scotch M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Magge A;Weissenbacher D;O'Connor K;Tahsin T;Gonzalez-Hernandez G;Scotch M
我们提出了GeoBoost2，一个自然语言处理管道，用于提取受感染宿主的位置，以丰富核苷酸序列库（如国家生物技术信息中心的GenBank）中的元数据，用于下游分析，包括生物地理学和基因组流行病学。病原体序列数量的不断增加，需要有补充的信息提取方法，以便进行有重点的研究，包括在国家内部和边界之间进行监测。在本文中，我们描述了我们早期版本的增强功能，包括端到端提取性能和速度的改进，功能齐全的Web界面的可用性以及使用深度学习进行位置提取的最先进方法。申请可在https://zodo.asu.edu/geoboost2网站上免费获得。GeoBoost2的源代码、使用示例和注释数据可在https://github.com/ZooPhy/geoboost2上免费获得。 补充数据可在Bioinformatics在线获得。
We present GeoBoost2, a natural language-processing pipeline for extracting the location of infected hosts for enriching metadata in nucleotide sequences repositories like National Center of Biotechnology Information’s GenBank for downstream analysis including phylogeography and genomic epidemiology. The increasing number of pathogen sequences requires complementary information extraction methods for focused research, including surveillance within countries and between borders. In this article, we describe the enhancements from our earlier release including improvement in end-to-end extraction performance and speed, availability of a fully functional web-interface and state-of-the-art methods for location extraction using deep learning. Application is freely available on the web at https://zodo.asu.edu/geoboost2. Source code, usage examples and annotated data for GeoBoost2 is freely available at https://github.com/ZooPhy/geoboost2. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
14.9
作者：
Benson, Dennis A.;Karsch-Mizrachi, Ilene;Sayers, Eric W.
通讯作者：
Sayers, Eric W.
DOI：
10.1093/jamia/ocv172
发表时间：
2016-09-01
影响因子：
6.4
作者：
Tahsin, Tasnia;Weissenbacher, Davy;Gonzalez, Graciela
通讯作者：
Gonzalez, Graciela
影响因子：
5.3
作者：
Scotch, Matthew;Tahsin, Tasnia;Gonzalez-Hernandez, Graciela
通讯作者：
Gonzalez-Hernandez, Graciela
DOI：
10.1073/pnas.1206598109
发表时间：
2012-09-11
影响因子：
11.1
作者：
Pybus, Oliver G.;Suchard, Marc A.;Delwart, Eric L.
通讯作者：
Delwart, Eric L.
DOI：
10.1093/bioinformatics/bty273
发表时间：
2018-07-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Magge A;Weissenbacher D;Sarker A;Scotch M;Gonzalez-Hernandez G
通讯作者：
Gonzalez-Hernandez G