Calculation of the dependence of homo- and heteronuclear 3J and 2J scalar couplings for the determination of the 2'-hydroxy conformation in RNA.
Calculation of the dependence of homo- and heteronuclear 3J and 2J scalar couplings for the determination of the 2'-hydroxy conformation in RNA.
复制标题
计算同核和异核 3J 和 2J 标量耦合的依赖性，以确定 RNA 中的 2-羟基构象。
DOI：
10.1002/anie.200602583
复制
发表时间：
2006
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Carlomagno,Teresa
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fohrer,Jorg;Reinscheid,Uwe;Hennig,Mirko;Carlomagno,Teresa
戊糖中是否存在2 '-羟基是RNA和DNA之间的主要区别。在典型的环境中，RNA和DNA的戊糖分别采用C3 '-endo和C2'-endo构象，导致水合和结构稳定性的明显差异。[1]除了由2 '-OH基团施加的构象偏好外，其在RNA催化中的重要作用已经被广泛研究用于自剪接病毒核酶、II型内含子和剪接体RNA。[2-4]因此，2 '-羟基的构象研究为了解RNA的结构特征提供了独特的见解，并揭示了RNA催化过程的结构-活性关系。最近，我们报道了30-mer HIV-2反式激活反应元件（TAR）RNA [5]在低温溶液中的2'-羟基的归属和构象分析，[6，7]而Ying和Bax的另一项研究集中在来自23 S核糖体RNA的螺旋35的RNA发夹中的2 '-羟基的构象分析。[8]RNA发夹的分子动力学模拟先前确定了当核糖采用C3 '-内折叠时2'-羟基质子的三种优选取向：a）朝向O3 '，通过与磷酸骨架的吸引静电相互作用稳定（O3'结构域），B）朝向O 4 '，通过核糖内静电相互作用稳定（O 4'结构域）和c）朝向碱基，通过与连接碱基的N3或O2原子的相互作用稳定（碱基结构域）。在我们以前的研究中，我们报告了典型的A-
The presence or absence of the 2’-hydroxy group within the pentose sugar accounts for the major difference between RNA and DNA. In canonical environments, the pentose sugars of RNA and DNA adopt C3’-endo and C2’-endo conformations, respectively, leading to distinct differences in the hydration and structural stability.[1] In addition to the conformational preferences imposed by the 2’-OH group, its vital role in RNA catalysis has been studied extensively for self-splicing viral ribozymes, type II introns and spliceosomal RNAs.[2–4] Thus, conformational studies of 2’-hydroxy groups provide unique insights into the structural features of RNA and shed light on the structure–activity relationship of RNA catalytic processes.Recently, we reported the assignments and conformational analysis of the 2’-hydroxy groups in the 30-mer HIV-2 transactivation response element (TAR) RNA [5] in solution at low temperature,[6, 7] while another study from Ying and Bax focuses on the conformational analysis of the 2’-hydroxy groups in the RNA hairpin derived from the helix 35 of the 23S ribosomal RNA.[8] Molecular dynamics (MD) simulations of an RNA hairpin previously identified three preferred orientations for the 2’-hydroxy proton when the ribose sugar adopts the C3’-endo pucker:[9] a) toward O3’, stabilized by attractive electrostatic interaction with the phosphate backbone (O3’domain), b) toward O4’, stabilized by intra-ribose electrostatic interactions (O4’domain) and c) toward the base, stabilized by interactions with the N3 or O2 atom of the attached base (base domain). In our previous study we reported preferences for the 2’-OH groups of canonical A-
登录
查看更多内容
影响因子：
5.6
作者：
Brodsky, AS;Williamson, JR
通讯作者：
Williamson, JR
影响因子：
14.9
作者：
Gyi, JI;Lane, AN;Brown, T
通讯作者：
Brown, T
影响因子：
15
作者：
Hennig, M;Fohrer, J;Carlomagno, T
通讯作者：
Carlomagno, T
影响因子：
5.6
作者：
Auffinger, P;Westhof, E
通讯作者：
Westhof, E
来自同时测量的异核标量耦合和 NOE 的螺旋 RNA 中的 2-羟基质子位置。
影响因子：
15
作者：
Ying,Jinfa;Bax,Ad
通讯作者：
Bax,Ad