PePPER: a webserver for prediction of prokaryote promoter elements and regulons.
PePPER: a webserver for prediction of prokaryote promoter elements and regulons.
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DOI：
10.1186/1471-2164-13-299
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发表时间：
2012-07-02
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Kok J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
de Jong A;Pietersma H;Cordes M;Kuipers OP;Kok J
准确预测原核生物中作为RNA聚合酶、σ因子和转录因子（TF）的靶标的DNA基序是一项困难的使命，这主要是由于DNA序列或启动子区结构中尚未发现的特征。改进的预测和比较算法目前可用于鉴定转录因子结合位点（TFBS）及其伴随的TF和调节子成员。在这里，我们扩展了目前的数据库的TF，TFBS和调节子与我们的知识乳酸乳球菌和开发了一个Web服务器的预测，挖掘和可视化的原核生物启动子元件和调节子通过一个新的概念。这种新方法包括通过用户友好的网络服务器对任何细菌基因组的TF、TFBS、启动子和调节子进行数据挖掘的一体化方法。我们通过挖掘乳酸球菌和链球菌中的WalRK调节子证明了这种方法的强大功能，反之亦然，使用L。lactis调节子数据（CodY）挖掘密切相关的物种。PePPER网络服务器除了提供一体化的分析方法外，还提供了一个用于挖掘调节子、启动子和TFBS的工具箱，并容纳了一个新的L。lactis调节子数据库，以及现有的调节子数据。现在，生物学家可以根据相关生物的现有知识，对任何细菌基因组中推定的调节子进行鉴定并对基因间区域进行完整注释，并且可以对广泛的调节子进行鉴定。在PePPER输出的基础上，生物学家可以设计实验来进一步验证所提出的调节子的存在和范围。PePPER网络服务器可通过http://pepper.molgenrug.nl免费访问。
Accurate prediction of DNA motifs that are targets of RNA polymerases, sigma factors and transcription factors (TFs) in prokaryotes is a difficult mission mainly due to as yet undiscovered features in DNA sequences or structures in promoter regions. Improved prediction and comparison algorithms are currently available for identifying transcription factor binding sites (TFBSs) and their accompanying TFs and regulon members. We here extend the current databases of TFs, TFBSs and regulons with our knowledge on Lactococcus lactis and developed a webserver for prediction, mining and visualization of prokaryote promoter elements and regulons via a novel concept. This new approach includes an all-in-one method of data mining for TFs, TFBSs, promoters, and regulons for any bacterial genome via a user-friendly webserver. We demonstrate the power of this method by mining WalRK regulons in Lactococci and Streptococci and, vice versa, use L. lactis regulon data (CodY) to mine closely related species. The PePPER webserver offers, besides the all-in-one analysis method, a toolbox for mining for regulons, promoters and TFBSs and accommodates a new L. lactis regulon database in addition to already existing regulon data. Identification of putative regulons and full annotation of intergenic regions in any bacterial genome on the basis of existing knowledge on a related organism can now be performed by biologists and it can be done for a wide range of regulons. On the basis of the PePPER output, biologist can design experiments to further verify the existence and extent of the proposed regulons. The PePPER webserver is freely accessible at http://pepper.molgenrug.nl.
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