A 3D molecular atlas of the chick embryonic heart
A 3D molecular atlas of the chick embryonic heart
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鸡胚胎心脏的 3D 分子图谱
DOI：
10.1101/609032
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发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Anderson C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Anderson C
我们提出了一个详细的分析基因表达的2天（HH 12）鸡胚心脏。对13个微切割区域的RNA-seq显示了15，570个基因的区域化表达。其中132个基因通过原位杂交进行了研究，一个子集（38个基因）通过光学投影断层扫描或连续切片进行了定位，以建立详细的三维表达图谱。我们用一个新的交互式3-D浏览器显示这一点，并作为堆叠的部分，揭示了表达域和重叠区域的边界。对表达域的分析还定义了一些不同于在此发育阶段通常通过解剖学标准识别的子区域，例如先前未描述的心房细分为两组正交域（背腹侧和左右）。我们还包括一个详细的比较，在鸡与小鼠和其他物种的表达。
We present a detailed analysis of gene expression in the 2-day (HH12) embryonic chick heart. RNA-seq of 13 micro-dissected regions reveals regionalised expression of 15,570 genes. Of these, 132 were studied byin situhybridisation and a subset (38 genes) was mapped by Optical Projection Tomography or serial sectioning to build a detailed 3-dimensional atlas of expression. We display this with a novel interactive 3-D viewer and as stacks of sections, revealing the boundaries of expression domains and regions of overlap. Analysis of the expression domains also defines some sub-regions distinct from those normally recognised by anatomical criteria at this stage of development, such as a previously undescribed subdivision of the atria into two orthogonal sets of domains (dorsoventral and left-right). We also include a detailed comparison of expression in the chick with the mouse and other species.
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