RSCanner: rapid assessment and visualization of RNA structure content.
RSCanner: rapid assessment and visualization of RNA structure content.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btad111
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发表时间：
2023-03-01
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RNA结构信息跨越许多千个碱基的转录本序列的日益增加的可用性要求能够快速筛选、识别和区分感兴趣的结构模块的工具。我们描述了RNA结构内容扫描仪(RSCanner)，这是一个自动化工具，它扫描RNA转录本，寻找包含高水平二级结构的区域，然后根据每个区域采用稳定或动态结构的相对倾向对每个区域进行分类。然后，RSCanner生成直观的热图，使用户能够快速定位可能包含高密度或低密度离散RNA结构的区域，从而为下游功能或结构研究提供信息。RSCanner以R脚本和R Markdown文件的形式免费提供，以及完整的文档和测试数据(https://github.com/pylelab/RSCanner).
The increasing availability of RNA structural information that spans many kilobases of transcript sequence imposes a need for tools that can rapidly screen, identify, and prioritize structural modules of interest. We describe RNA Structural Content Scanner (RSCanner), an automated tool that scans RNA transcripts for regions that contain high levels of secondary structure and then classifies each region for its relative propensity to adopt stable or dynamic structures. RSCanner then generates an intuitive heatmap enabling users to rapidly pinpoint regions likely to contain a high or low density of discrete RNA structures, thereby informing downstream functional or structural investigation. RSCanner is freely available as both R script and R Markdown files, along with full documentation and test data (https://github.com/pylelab/RSCanner).
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