HIV-1 integrase inhibitor T30177 forms a stacked dimeric G-quadruplex structure containing bulges.
HIV-1 integrase inhibitor T30177 forms a stacked dimeric G-quadruplex structure containing bulges.
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DOI：
10.1093/nar/gkr540
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发表时间：
2011-11-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Phan AT
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mukundan VT;Do NQ;Phan AT
T30177是一种富含G的寡核苷酸，序列为（GTGGTGGGTGGGTGGGT），在纳摩尔浓度下可抑制HIV-1整合酶活性。在此，我们表明，该DNA序列在K+溶液中形成一个二聚体G-四链体结构，通过在其5′端堆叠两个螺旋桨型平行链G-四链体亚基，总共包括六个G-四联体层。序列中的所有12个鸟嘌呤都参与G-四分体的形成，尽管第一个G-束被胸腺嘧啶中断，在两个相邻的G-四分体之间形成凸起。在这项工作中，我们还提出了一个简单的分析方法，化学计量测定浓度依赖性熔解曲线。
T30177 is a G-rich oligonucleotide with the sequence (GTGGTGGGTGGGTGGGT) which inhibits the HIV-1 integrase activity at nanomolar concentrations. Here we show that this DNA sequence forms in K+ solution a dimeric G-quadruplex structure comprising a total of six G-tetrad layers through the stacking of two propeller-type parallel-stranded G-quadruplex subunits at their 5′-end. All twelve guanines in the sequence participate in the G-tetrad formation, despite the interruption in the first G-tract by a thymine, which forms a bulge between two adjacent G-tetrads. In this work, we also propose a simple analytical approach to stoichiometry determination using concentration-dependent melting curves.
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