Functional RNA elements in the dengue virus genome.
Functional RNA elements in the dengue virus genome.
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DOI：
10.3390/v3091739
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发表时间：
2011-09
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Gamarnik AV
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gebhard LG;Filomatori CV;Gamarnik AV
登革病毒（DENV）基因组扩增是一个涉及病毒RNA、细胞和病毒蛋白以及细胞膜复杂结构的过程。在此过程中，病毒RNA不是被动的模板;它在提供RNA信号方面发挥着积极的作用，这些RNA信号充当复制过程的启动子、增强子和/或沉默子。在5′和3′ UTR以及病毒编码序列中发现了调节RNA复制的RNA元件。登革病毒RNA合成的启动子是位于基因组5′端的一个大茎环结构。这种结构特异性地与病毒聚合酶NS 5相互作用，并促进环状基因组3′端的RNA合成。病毒基因组的环状构象由跨越数千个核苷酸的长距离RNA-RNA相互作用介导。最近的研究提供了关于病毒RNA中替代的、互斥的结构的要求的新信息，突出了病毒基因组是灵活的并且以不同构象存在的想法。在这篇文章中，我们描述了元件的启动子SLA和其他RNA信号参与NS 5聚合酶的结合和活动，并提供了新的想法，如何动态的二级和三级结构的病毒RNA参与病毒的生命周期。
Dengue virus (DENV) genome amplification is a process that involves the viral RNA, cellular and viral proteins, and a complex architecture of cellular membranes. The viral RNA is not a passive template during this process; it plays an active role providing RNA signals that act as promoters, enhancers and/or silencers of the replication process. RNA elements that modulate RNA replication were found at the 5′ and 3′ UTRs and within the viral coding sequence. The promoter for DENV RNA synthesis is a large stem loop structure located at the 5′ end of the genome. This structure specifically interacts with the viral polymerase NS5 and promotes RNA synthesis at the 3′ end of a circularized genome. The circular conformation of the viral genome is mediated by long range RNA-RNA interactions that span thousands of nucleotides. Recent studies have provided new information about the requirement of alternative, mutually exclusive, structures in the viral RNA, highlighting the idea that the viral genome is flexible and exists in different conformations. In this article, we describe elements in the promoter SLA and other RNA signals involved in NS5 polymerase binding and activity, and provide new ideas of how dynamic secondary and tertiary structures of the viral RNA participate in the viral life cycle.
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