HDX-guided EPR spectroscopy to interrogate membrane protein dynamics.
HDX-guided EPR spectroscopy to interrogate membrane protein dynamics.
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DOI：
10.1016/j.xpro.2022.101562
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发表时间：
2022-09-16
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Pliotas, Christos
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lane, Benjamin J.;Wang, Bolin;Ma, Yue;Calabrese, Antonio N.;El Mkami, Hassane;Pliotas, Christos
通过脉冲EPR方法测量的蛋白质残基的溶剂可及性以及蛋白质残基之间的距离提供了关于动态蛋白质运动的高分辨率信息。我们描述了完整膜蛋白的纯化和定点自旋标记的方法。在我们的方案中，多肽水平的HDX-MS被用作前体来指导单残基拆分ESEEM可及性测量和EPR应用的自旋标记策略。以五聚体MSCL通道为模型，讨论了cwEPR、Deer/PELDOR和ESEEM光谱技术在膜蛋白动力学研究中的应用。有关本议定书的使用和执行的完整细节，请参阅。用于研究膜蛋白质动力学的综合EPR方法的协议使用HDX-MS作为前体来指导EPR方法的自旋标记策略探索单一残基水平的溶剂可获得性由ESEEM出版商注释：进行任何实验协议都需要遵守当地机构的实验室安全和伦理指南。通过脉冲EPR方法测量的蛋白质残基的溶剂可及性以及蛋白质残基之间的距离提供了关于动态蛋白质运动的高分辨率信息。我们描述了完整膜蛋白的纯化和定点自旋标记的方法。在我们的方案中，多肽水平的HDX-MS被用作前体来指导单残基拆分ESEEM可及性测量和EPR应用的自旋标记策略。以五聚体MSCL通道为模型，讨论了cwEPR、Deer/PELDOR和ESEEM光谱技术在膜蛋白动力学研究中的应用。
Solvent accessibilities of and distances between protein residues measured by pulsed-EPR approaches provide high-resolution information on dynamic protein motions. We describe protocols for the purification and site-directed spin labeling of integral membrane proteins. In our protocol, peptide-level HDX-MS is used as a precursor to guide single-residue resolution ESEEM accessibility measurements and spin labeling strategies for EPR applications. Exploiting the pentameric MscL channel as a model, we discuss the use of cwEPR, DEER/PELDOR, and ESEEM spectroscopies to interrogate membrane protein dynamics. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to. Protocols for an integrated EPR-based approach to study membrane protein dynamics Instructions for the sample preparation of spin-labeled membrane proteins Used HDX-MS as a precursor to guide spin labeling strategies for EPR methods Probed solvent accessibility at the single-residue level by ESEEM Publisher’s note: Undertaking any experimental protocol requires adherence to local institutional guidelines for laboratory safety and ethics. Solvent accessibilities of and distances between protein residues measured by pulsed-EPR approaches provide high-resolution information on dynamic protein motions. We describe protocols for the purification and site-directed spin labeling of integral membrane proteins. In our protocol, peptide-level HDX-MS is used as a precursor to guide single-residue resolution ESEEM accessibility measurements and spin labeling strategies for EPR applications. Exploiting the pentameric MscL channel as a model, we discuss the use of cwEPR, DEER/PELDOR, and ESEEM spectroscopies to interrogate membrane protein dynamics.
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影响因子：
3.4
作者：
Ackermann K;Pliotas C;Valera S;Naismith JH;Bode BE
通讯作者：
Bode BE
DOI：
10.1021/acs.jpcb.1c03666
发表时间：
2021-05-27
期刊：
The journal of physical chemistry. B
影响因子：
--
作者：
Ackermann K;Wort JL;Bode BE
通讯作者：
Bode BE
DOI：
10.4161/chan.20998
发表时间：
2012-07
期刊：
Channels (Austin, Tex.)
影响因子：
--
作者：
Edwards MD;Black S;Rasmussen T;Rasmussen A;Stokes NR;Stephen TL;Miller S;Booth IR
通讯作者：
Booth IR
影响因子：
5.8
作者：
Lau, Andy M. C.;Ahdash, Zainab;Politis, Argyris
通讯作者：
Politis, Argyris
影响因子：
4.7
作者：
Michou, Myrsini;Kapsalis, Charalampos;Skretas, Georgios
通讯作者：
Skretas, Georgios