mPPases create a conserved anionic membrane fingerprint as identified via multi-scale simulations
mPPases create a conserved anionic membrane fingerprint as identified via multi-scale simulations
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mPPases 创建了通过多尺度模拟识别的保守阴离子膜指纹
DOI：
10.1101/2022.03.08.483421
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Holmes A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Holmes A
膜整合焦磷酸酶（mPPases）是膜结合酶，负责水解无机焦磷酸盐和跨膜转运阳离子。它们的功能对于临床相关的原生动物寄生虫的感染性和植物成熟是必不可少的。最近的发展表明，它们的机制比以前认为的更复杂，膜环境可能对它们的功能很重要。在这项工作中，我们使用多尺度分子动力学模拟首次证明，mPPases在蛋白质的远端和界面区域的4个位点形成特定的阴离子脂质相互作用。这些相互作用是保守的模拟mPPases从Thermotoga maritima，绿豆radiata和梭菌leptum和其特征在于相互作用的正残基的螺旋1，2，3和4的远端网站，或9，10，13和14的界面网站。由于这些螺旋在蛋白质稳定性和功能中的重要性，这些脂质相互作用可能在mPPase机制中发挥关键作用，并使未来的结构和功能研究成为可能。
Membrane-integral pyrophosphatases (mPPases) are membrane-bound enzymes responsible for hydrolysing inorganic pyrophosphate and translocating a cation across the membrane. Their function is essential for the infectivity of clinically relevant protozoan parasites and plant maturation. Recent developments have indicated that their mechanism is more complicated than previously thought and that the membrane environment may be important for their function. In this work, we use multiscale molecular dynamics simulations to demonstrate for the first time that mPPases form specific anionic lipid interactions at 4 sites at the distal and interfacial regions of the protein. These interactions are conserved in simulations of the mPPases fromThermotoga maritima,Vigna radiataandClostridium leptumand characterised by interactions with positive residues on helices 1, 2, 3 and 4 for the distal site, or 9, 10, 13 and 14 for the interfacial site. Due to the importance of these helices in protein stability and function, these lipid interactions may play a crucial role in the mPPase mechanism and enable future structural and functional studies.
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DOI：
10.1016/j.bbamem.2016.03.007
发表时间：
2016-06
期刊：
Biochimica et biophysica acta
影响因子：
--
作者：
Sathappa M;Alder NN
通讯作者：
Alder NN
影响因子：
64.8
作者：
Jumper J;Evans R;Pritzel A;Green T;Figurnov M;Ronneberger O;Tunyasuvunakool K;Bates R;Žídek A;Potapenko A;Bridgland A;Meyer C;Kohl SAA;Ballard AJ;Cowie A;Romera-Paredes B;Nikolov S;Jain R;Adler J;Back T;Petersen S;Reiman D;Clancy E;Zielinski M;Steinegger M;Pacholska M;Berghammer T;Bodenstein S;Silver D;Vinyals O;Senior AW;Kavukcuoglu K;Kohli P;Hassabis D
通讯作者：
Hassabis D
影响因子：
5.5
作者：
Song W;Corey RA;Ansell TB;Cassidy CK;Horrell MR;Duncan AL;Stansfeld PJ;Sansom MSP
通讯作者：
Sansom MSP
量子物理：原子使者实现分子控制
影响因子：
64.8
作者：
Wes Campbell
通讯作者：
Wes Campbell
影响因子：
3.7
作者：
Olofsson G;Sparr E
通讯作者：
Sparr E