A biologist's guide to Bayesian phylogenetic analysis.
A biologist's guide to Bayesian phylogenetic analysis.
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DOI：
10.1038/s41559-017-0280-x
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发表时间：
2017-10
影响因子：
16.8
通讯作者：
Yang Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nascimento FF;Reis MD;Yang Z
Bayesian methods have become very popular in molecular phylogenetics due to the availability of user-friendly software implementing sophisticated models of evolution. However, Bayesian phylogenetic models are complex, and analyses are often carried out using default settings, which may not be appropriate. Here, we summarize the major features of Bayesian phylogenetic inference and discuss Bayesian computation using Markov chain Monte Carlo (MCMC), the diagnosis of an MCMC run, and ways of summarising the MCMC sample. We discuss the specification of the prior, the choice of the substitution model, and partitioning of the data. Finally, we provide a list of common Bayesian phylogenetic software and provide recommendations as to their use.
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先验率对多个基因座发散时间的贝叶斯估计的影响。
影响因子：
6.5
作者：
Dos Reis M;Zhu T;Yang Z
通讯作者：
Yang Z
影响因子：
3.4
作者：
Nascimento FF;Gongora J;Charleston M;Tristem M;Lowden S;Moran C
通讯作者：
Moran C
DOI：
10.1007/978-1-61779-582-4_9
发表时间：
2012-01-01
期刊：
EVOLUTIONARY GENOMICS: STATISICAL AND COMPUTATIONAL METHODS, VOL 1
影响因子：
--
作者：
Altenhoff, Adrian M.;Dessimoz, Christophe
通讯作者：
Dessimoz, Christophe
DOI：
10.1016/j.cub.2015.09.066
发表时间：
2015-11-16
期刊：
Current biology : CB
影响因子：
--
作者：
dos Reis M;Thawornwattana Y;Angelis K;Telford MJ;Donoghue PC;Yang Z
通讯作者：
Yang Z
影响因子：
9.8
作者：
Drummond AJ;Ho SY;Phillips MJ;Rambaut A
通讯作者：
Rambaut A