Tissue clearing and three-dimensional imaging of the whole cochlea and vestibular system from multiple large-animal models.
Tissue clearing and three-dimensional imaging of the whole cochlea and vestibular system from multiple large-animal models.
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DOI：
10.1016/j.xpro.2023.102220
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发表时间：
2023-04-13
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Greenbaum, Alon
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Moatti, Adele;Cai, Yuheng;Li, Chen;Popowski, Kristen D.;Cheng, Ke;Ligler, Frances S.;Greenbaum, Alon
人类和大型动物的内耳嵌在厚而致密的骨头中，这使得解剖具有挑战性。在这里，我们提出了一个协议，使三维（3D）表征完整的内耳从大型动物模型。我们描述了脱钙骨的步骤，使用溶剂去除颜色和脂质，并使用共聚焦和光片显微镜在3D中成像组织。然后，我们详细介绍了一个管道，以计数毛细胞的抗体染色和3D成像耳蜗使用开源软件。有关本方案使用和执行的完整详细信息，请参见（Moatti等人，2022年）。该方案支持内耳的3D细胞结构的研究去除Ca、脂质和色素以提高几mm的光穿透性组织清除增加抗体扩散以分析更大的动物内耳使用开源软件以3D亚细胞分辨率进行毛细胞计数出版商说明：进行任何实验方案都需要遵守实验室安全和伦理的当地机构指南。人类和大型动物的内耳嵌在厚而致密的骨头中，这使得解剖具有挑战性。在这里，我们提出了一个协议，使三维（3D）表征完整的内耳从大型动物模型。我们描述了脱钙骨的步骤，使用溶剂去除颜色和脂质，并使用共聚焦和光片显微镜在3D中成像组织。然后，我们详细介绍了一个管道，以计数毛细胞的抗体染色和3D成像耳蜗使用开源软件。
The inner ear of humans and large animals is embedded in a thick and dense bone that makes dissection challenging. Here, we present a protocol that enables three-dimensional (3D) characterization of intact inner ears from large-animal models. We describe steps for decalcifying bone, using solvents to remove color and lipids, and imaging tissues in 3D using confocal and light sheet microscopy. We then detail a pipeline to count hair cells in antibody-stained and 3D imaged cochleae using open-source software. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to (Moatti et al., 2022). This protocol supports the investigation of the 3D cytoarchitecture of the inner ear Removal of Ca, lipids, and pigments to improve light penetration by several mm Tissue clearing increases antibody diffusion to analyze larger animal inner ears Hair cell counting at 3D subcellular resolution using open-source software Publisher’s note: Undertaking any experimental protocol requires adherence to local institutional guidelines for laboratory safety and ethics. The inner ear of humans and large animals is embedded in a thick and dense bone that makes dissection challenging. Here, we present a protocol that enables three-dimensional (3D) characterization of intact inner ears from large-animal models. We describe steps for decalcifying bone, using solvents to remove color and lipids, and imaging tissues in 3D using confocal and light sheet microscopy. We then detail a pipeline to count hair cells in antibody-stained and 3D imaged cochleae using open-source software.
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作者：
Rai, Mani Ratnam;Li, Chen;Greenbaum, Alon
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Greenbaum, Alon
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作者：
Li, Chen;Moatti, Adele;Greenabum, Alon
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Greenabum, Alon
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作者：
Berg, Stuart;Kutra, Dominik;Kreshuk, Anna
通讯作者：
Kreshuk, Anna
DOI：
10.1093/bioinformatics/btt276
发表时间：
2013-07-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Ollion J;Cochennec J;Loll F;Escudé C;Boudier T
通讯作者：
Boudier T