fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor.
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fastp：一款超快一体化 FASTQ 预处理器
DOI：
10.1093/bioinformatics/bty560
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发表时间：
2018-09-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Gu J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen S;Zhou Y;Chen Y;Gu J
FASTQ 文件的质量控制和预处理对于为下游分析提供干净的数据至关重要。传统上，每个操作都会使用不同的工具，例如质量控制、适配器修整和质量过滤。这些工具通常速度不够快，因为大多数工具都是使用高级编程语言（例如 Python 和 Java）开发的，并且提供有限的多线程支持。多次读取和加载数据也会导致预处理速度变慢且 I/O 效率低下。我们开发了 fastp 作为超快 FASTQ 预处理器，具有有用的质量控制和数据过滤功能。它可以通过一次 FASTQ 数据扫描来执行质量控制、适配器修剪、质量过滤、每次读取质量修剪和许多其他操作。该工具是用C++开发的，具有多线程支持。根据我们的评估，尽管执行的操作比类似工具多得多，但 fastp 的速度比 Trimmomatic 或 Cutadapt 等其他 FASTQ 预处理工具快 2-5 倍。开源代码和相应说明可在 https://github.com/OpenGene/fastp 获取。
Quality control and preprocessing of FASTQ files are essential to providing clean data for downstream analysis. Traditionally, a different tool is used for each operation, such as quality control, adapter trimming and quality filtering. These tools are often insufficiently fast as most are developed using high-level programming languages (e.g. Python and Java) and provide limited multi-threading support. Reading and loading data multiple times also renders preprocessing slow and I/O inefficient. We developed fastp as an ultra-fast FASTQ preprocessor with useful quality control and data-filtering features. It can perform quality control, adapter trimming, quality filtering, per-read quality pruning and many other operations with a single scan of the FASTQ data. This tool is developed in C++ and has multi-threading support. Based on our evaluation, fastp is 2–5 times faster than other FASTQ preprocessing tools such as Trimmomatic or Cutadapt despite performing far more operations than similar tools. The open-source code and corresponding instructions are available at https://github.com/OpenGene/fastp.
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