Simultaneous analysis of microbial identity and function using NanoSIMS.
Simultaneous analysis of microbial identity and function using NanoSIMS.
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DOI：
10.1111/j.1462-2920.2007.01478.x
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发表时间：
2008-03
影响因子：
5.1
通讯作者：
Bouchez, Theodore
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li, Tianlun;Wu, Ting-Di;Mazeas, Laurent;Toffin, Laurent;Guerquin-Kern, Jean-Luc;Leblon, Gerard;Bouchez, Theodore
鉴定未培养微生物在其环境中的功能仍然是微生物生态学家面临的主要挑战之一。在这篇文章中，我们描述了一种新的方法，允许同时分析微生物的身份和功能。该方法基于在单个微生物细胞中寡核苷酸探针赋予的杂交信号的可视化和使用高分辨率离子微探针（NanoSIMS）的同位素测量。为了表征该方法的潜力，将含有碘化胞苷的寡核苷酸与在含有不同水平的13 C或15 N的培养基上培养的大肠杆菌的固定细胞杂交。碘信号可以清楚地定位在靶细胞上，并且可以在单细胞水平上监测同位素富集。这种新技术的适用性，在复杂的微生物群落内的未培养微生物的原位生态生理学的研究进行了说明。
Identifying the function of uncultured microbes in their environments today remains one of the main challenges for microbial ecologists. In this article, we describe a new method allowing simultaneous analysis of microbial identity and function. This method is based on the visualization of oligonucleotide probe-conferred hybridization signal in single microbial cells and isotopic measurement using high-resolution ion microprobe (NanoSIMS). In order to characterize the potential of the method, an oligonucleotide containing iodized cytidine was hybridized on fixed cells of Escherichia coli cultured on media containing different levels of 13C or 15N. Iodine signals could clearly be localized on targeted cells and the isotopic enrichment could be monitored at the single-cell level. The applicability of this new technique to the study of in situ ecophysiology of uncultured microorganisms within complex microbial communities is illustrated.
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