Knotting spectrum of polygonal knots in extreme confinement
Knotting spectrum of polygonal knots in extreme confinement
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极端约束下多边形结的结谱
DOI：
10.1088/1751-8121/abf8e8
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发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Ziegler, Uta
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ernst, Claus;Rawdon, Eric J.;Ziegler, Uta
随机纽结模型通常用于测量在具有某些给定物理性质或性质集合的无偏系统中期望观察到的纠缠类型。在自然界中，大分子链通常处于极端封闭状态。目前的技术，用于采样随机多边形的限制是有限的。在本文中，我们深入了解的打结行为的随机多边形在极端限制通过研究限制在圆柱体，其中每个边缘连接的顶部和底部磁盘的圆柱体的随机多边形。将该模型产生的纽结谱与球面约束下的等边随机多边形纽结谱进行了比较。由于生根，这样的多边形需要限制半径R <$1。我们提出的数值证据表明，这个简单的圆柱模型产生的多边形结的概率，相当于在半径R <$0.62的球形限制。然后，我们展示了如何结的复杂性和相对概率的不同类别的结类型的变化作为长度的多边形的增加，在圆柱形多边形。
Random knot models are often used to measure the types of entanglements one would expect to observe in an unbiased system with some given physical property or set of properties. In nature, macromolecular chains often exist in extreme confinement. Current techniques for sampling random polygons in confinement are limited. In this paper, we gain insight into the knotting behavior of random polygons in extreme confinement by studying random polygons restricted to cylinders, where each edge connects the top and bottom disks of the cylinder. The knot spectrum generated by this model is compared to the knot spectrum of rooted equilateral random polygons in spherical confinement. Due to the rooting, such polygons require a radius of confinement R⩾ 1. We present numerical evidence that the polygons generated by this simple cylindrical model generate knot probabilities that are equivalent to spherical confinement at a radius of R≈ 0.62. We then show how knot complexity and the relative probability of different classes of knot types change as the length of the polygon increases in the cylindrical polygons.
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DOI：
10.1017/s0305004100067323
发表时间：
1987
影响因子：
0.8
作者：
C. Ernst;D. Sumners
通讯作者：
D. Sumners
随机游走中的结
DOI：
10.1016/0166-218x(89)90005-x
发表时间：
1989
期刊：
Discret. Appl. Math.
影响因子：
--
作者：
N. Pippenger
通讯作者：
N. Pippenger
DOI：
10.1515/9783110571493-010
发表时间：
2017
期刊：
The Journal of chemical physics
影响因子：
--
作者：
Y. Diao;C. Ernst;U. Ziegler;E. Rawdon
通讯作者：
E. Rawdon
几何结空间和多边形同位素
影响因子：
0.5
作者：
J. A. Calvo
通讯作者：
J. A. Calvo
接下来的 3.5 亿节
DOI：
10.4230/lipics.socg.2020.25
发表时间：
2020
期刊：
Kobe journal of mathematics
影响因子：
--
作者：
Benjamin A. Burton
通讯作者：
Benjamin A. Burton