Non-targeting control for MISSION shRNA library silences SNRPD3 leading to cell death or permanent growth arrest.
Non-targeting control for MISSION shRNA library silences SNRPD3 leading to cell death or permanent growth arrest.
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DOI：
10.1016/j.omtn.2021.09.004
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发表时间：
2021-12-03
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Bereta J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Czarnek M;Sarad K;Karaś A;Kochan J;Bereta J
随着 RNA 干扰 (RNAi) 技术的扩展，越来越多的证据表明，由于基因特异性短发夹 RNA (shRNA) 的脱靶效应，RNAi 分析可能存在严重偏差。我们的研究结果表明，非靶向 shRNA 的脱靶效应是基于 shRNA 的数据被误解的另一个来源。我们发现 SHC016 是 MISSION（商业化 TRC）文库的两个非靶向 shRNA 对照之一，它会产生有害影响，导致 shRNA 编码盒从培养的小鼠和人类细胞的基因组中消除。在这里，我们使用具有诱导型 SHC016 表达的慢病毒载体来证实这种 shRNA 会诱导小鼠细胞凋亡，并根据人类肿瘤细胞中的 p53 状态诱导衰老或有丝分裂灾难。我们确定了核心剪接体蛋白，小核核糖核蛋白 Sm D3 (SNRPD3)，作为几种细胞系中 SHC016 的主要靶标，并证实 SNRPD3 的 CRISPRi 敲低模拟了 A549 和 U251 细胞中 SHC016 表达的影响。 SNRPD3 的过度表达将 U251 细胞从 SHC016 诱导的有丝分裂灾难中拯救出来。我们的研究结果取消了非靶向 SHC016 shRNA 的资格，并为有关 RNAi 结果不确定性来源的讨论增加了新的前提。 RNA 干扰 (RNAi) 是研究基因功能的主要方法之一。 Bereta 及其同事发现 MISSION 文库的非靶向 shRNA 对照之一 SHC016 对人类和小鼠细胞具有细胞毒性。他们将编码核心剪接体蛋白的转录物 SNRPD3 确定为 SHC016 的主要靶标。
In parallel with the expansion of RNA interference (RNAi) techniques, accumulating evidence indicates that RNAi analyses might be seriously biased due to the off-target effects of gene-specific short hairpin RNAs (shRNAs). Our findings indicated that off-target effects of non-targeting shRNA comprise another source of misinterpreted shRNA-based data. We found that SHC016, which is one of two non-targeting shRNA controls for the MISSION (commercialized TRC) library, exerts deleterious effects that lead to elimination of the shRNA-coding cassette from the genomes of cultured murine and human cells. Here, we used a lentiviral vector with inducible SHC016 expression to confirm that this shRNA induces apoptosis in murine cells and senescence or mitotic catastrophe depending on the p53 status in human tumor cells. We identified the core spliceosomal protein, small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 (SNRPD3), as a major SHC016 target in several cell lines and confirmed that CRISPRi knockdown of SNRPD3 mimics the effects of SHC016 expression in A549 and U251 cells. The overexpression of SNRPD3 rescued U251 cells from SHC016-induced mitotic catastrophe. Our findings disqualified non-targeting SHC016 shRNA and added a new premise to the discussion about the sources of uncertainty in RNAi results. RNA interference (RNAi) is one of the leading methods to study gene functions. Bereta and colleagues found that one of the non-targeting shRNA controls of the MISSION library, SHC016, is cytotoxic to human and mouse cells. They identified SNRPD3, a transcript encoding the core spliceosomal protein, as a major SHC016 target.
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Kaufman, Howard L.
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通讯作者：
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通讯作者：
Sheltzer JM
DOI：
10.1074/mcp.m111.011429
发表时间：
2012-03
期刊：
Molecular & cellular proteomics : MCP
影响因子：
--
作者：
Boisvert FM;Ahmad Y;Gierliński M;Charrière F;Lamont D;Scott M;Barton G;Lamond AI
通讯作者：
Lamond AI