OBIGrid: A New Computing Platform for Bioinformatics
OBIGrid: A New Computing Platform for Bioinformatics
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OBIGrid：新的生物信息学计算平台
DOI：
10.11234/gi1990.13.484
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发表时间：
2002
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
A. Konagaya
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fumikazu Konishi;A. Fukuzaki;K. Satou;Tomoyuki Yamamoto;X. Défago;A. Konagaya
近年来，生物信息学对同源性搜索、分子模拟、细胞模拟埃塔尔方面的计算能力提出了更高的要求。网格计算[1]通过将大量计算机或PC集群与高性能网络连接，具有扩展计算性能的潜力。沿着这条路线，我们与日本生物信息学高性能计算委员会和并行生物信息学处理倡议（IPAB）合作，设计和开发了开放生物信息学网格（OBIGrid [2]http://www.obigrid.org/）。在设计OBIGrid时，我们强调网络透明度和安全策略问题的重要性，而不是早期开发阶段的性能。因此，我们采用虚拟专用网（VPN）来保护网格系统从/到外部世界。对于生物信息学环境，我们设定了以下设计目标：
Recently, bioinformatics requires high performance computing facilities for homology search, molecular simulation, cell simulation etal. Grid computing [1] has a potential for expansion in computing performance by connecting a large number of computers or PC clusters with high performance networks. Along with this line, we have designed and developed the Open Bioinformatics Grid (OBIGrid [2] http://www.obigrid.org/ ) in corporation with Japan Committee on High-Performance Computing for Bioinformatics and Initiative for Parallel Bioinformatics Processing (IPAB). On designing OBIGrid, we emphasize the importance of network transparency and security policy issues rather than the performance at the early development stage. Therefore, we adopt a virtual private network (VPN) to protect a Grid system from/to the outer world. As for bioinformatics environment, we set the following design goals to provide:
DOI：
10.12694/scpe.v3i3.192
发表时间：
2000
期刊：
Parallel Distributed Comput. Pract.
影响因子：
--
作者：
A. Marowka
通讯作者：
A. Marowka