The Prion Disease Database: a comprehensive transcriptome resource for systems biology research in prion diseases.
The Prion Disease Database: a comprehensive transcriptome resource for systems biology research in prion diseases.
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DOI：
10.1093/database/bap011
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发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hood L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gehlenborg N;Hwang D;Lee IY;Yoo H;Baxter D;Petritis B;Pitstick R;Marzolf B;Dearmond SJ;Carlson GA;Hood L
朊病毒疾病反映了朊病毒蛋白（PrPC）良性同工型向恶性PrPSc同工型的构象转化。受PrPSc积累干扰的网络及其与病理事件的关系尚不清楚。动物模型中的时间过程转录组学和表型数据对于理解系统生物学研究中的朊病毒干扰网络至关重要。在这里，我们介绍了朊病毒疾病数据库（PDDB），这是迄今为止最全面的小鼠朊病毒疾病数据资源。PDDB包含：(i)在八种小鼠毒株-朊病毒毒株组合中从接种朊病毒到出现临床症状的时间过程mRNA测量和（ii）组织块显示每种小鼠-朊病毒组合在大脑中的时间PrPSc积累模式。为了促进朊病毒的研究，PDDB还提供了一套分析工具，通过整合时间mRNA和相互作用数据来重建动态网络，并分析这些网络以产生假设。数据库地址：http://prion.systemsbiology.net
Prion diseases reflect conformational conversion of benign isoforms of prion protein (PrPC) to malignant PrPSc isoforms. Networks perturbed by PrPSc accumulation and their ties to pathological events are poorly understood. Time-course transcriptomic and phenotypic data in animal models are critical for understanding prion-perturbed networks in systems biology studies. Here, we present the Prion Disease Database (PDDB), the most comprehensive data resource on mouse prion diseases to date. The PDDB contains: (i) time-course mRNA measurements spanning the interval from prion inoculation through appearance of clinical signs in eight mouse strain-prion strain combinations and (ii) histoblots showing temporal PrPSc accumulation patterns in brains from each mouse–prion combination. To facilitate prion research, the PDDB also provides a suite of analytical tools for reconstructing dynamic networks via integration of temporal mRNA and interaction data and for analyzing these networks to generate hypotheses. Database URL: http://prion.systemsbiology.net
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