PASTEC: an automatic transposable element classification tool.
PASTEC: an automatic transposable element classification tool.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0091929
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Quesneville H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hoede C;Arnoux S;Moisset M;Chaumier T;Inizan O;Jamilloux V;Quesneville H
转座因子的分类是揭示其对基因组潜在影响的关键步骤。但是，此过程通常基于TE专家的手动顺序检查。随着基因组序列的丰富，这项任务需要自动化，使大多数科学家都能完成。我们提出了一个新的工具，PASTEC，通过搜索结构特征和相似性来分类TE。该工具优于目前可用的TE分类软件。PASTEC的主要创新是搜索HMM配置文件，这是有用的推断未知TE的蛋白质的保守功能结构域的基础上的分类。此外，PASTEC是唯一的工具，提供了一个详尽的可能的分类范围，以秩序水平的柳条分层TE分类系统。它还可以自动分类其他重复元件，如SSR（简单序列重复），rDNA或潜在的重复宿主基因。最后，这个新工具的输出旨在通过向生物学家提供为每个TE共识积累的所有证据来促进手动策展。PASTEC可作为REPET模块或独立软件提供（http：//urgi.tagilles.inra.fr/download/repet/REPET_linux-x64-2.2.tar.gz）。它需要一个类Unix系统。有两个独立的版本：其中一个是并行的（需要Sun grid Engine或Torque），另一个不是。
The classification of transposable elements (TEs) is key step towards deciphering their potential impact on the genome. However, this process is often based on manual sequence inspection by TE experts. With the wealth of genomic sequences now available, this task requires automation, making it accessible to most scientists. We propose a new tool, PASTEC, which classifies TEs by searching for structural features and similarities. This tool outperforms currently available software for TE classification. The main innovation of PASTEC is the search for HMM profiles, which is useful for inferring the classification of unknown TE on the basis of conserved functional domains of the proteins. In addition, PASTEC is the only tool providing an exhaustive spectrum of possible classifications to the order level of the Wicker hierarchical TE classification system. It can also automatically classify other repeated elements, such as SSR (Simple Sequence Repeats), rDNA or potential repeated host genes. Finally, the output of this new tool is designed to facilitate manual curation by providing to biologists with all the evidence accumulated for each TE consensus. PASTEC is available as a REPET module or standalone software (http://urgi.versailles.inra.fr/download/repet/REPET_linux-x64-2.2.tar.gz). It requires a Unix-like system. There are two standalone versions: one of which is parallelized (requiring Sun grid Engine or Torque), and the other of which is not.
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Jurka, J;Kapitonov, VV;Walichiewicz, J
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Walichiewicz, J
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Benson, G
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Benson, G
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作者：
Flutre T;Duprat E;Feuillet C;Quesneville H
通讯作者：
Quesneville H
DOI：
10.1007/978-1-61779-603-6_3
发表时间：
2012-01-01
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Permal, Emmanuelle;Flutre, Timothee;Quesneville, Hadi
通讯作者：
Quesneville, Hadi
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作者：
Abrusan, Gyorgy;Grundmann, Norbert;Makalowski, Wojciech
通讯作者：
Makalowski, Wojciech