Widespread suppression of intragenic transcription initiation by H-NS.
Widespread suppression of intragenic transcription initiation by H-NS.
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DOI：
10.1101/gad.234336.113
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发表时间：
2014-02-01
影响因子：
10.5
通讯作者：
Grainger DC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Singh SS;Singh N;Bonocora RP;Fitzgerald DM;Wade JT;Grainger DC
H-NS 是一种细菌折叠因子，与水平获得基因的沉默有关。这些基因因其 A/T 含量而被认为是有毒的。在这里，辛格等人。表明 H-NS 的一个主要的、长期被忽视的功能是防止外源基因内非编码转录物的广泛起始。这项研究为水平获得的 DNA 的毒性提供了分子合理化，并解释了 H-NS 如何抵消这种毒性。在许多物种中观察到广泛的基因内转录起始。在这里，我们表明大肠杆菌 ehxCABD 操纵子含有大量有义和反义方向的基因内启动子。这些启动子的转录被组蛋白样核结构 (H-NS) 蛋白沉默。在全基因组范围内，我们发现大肠杆菌中 46% 的 H-NS 抑制转录本源自基因内。此外，许多被 H-NS 抑制的基因间启动子是针对非编码 RNA (ncRNA) 的。因此，H-NS 的一个主要被忽视的功能是防止虚假 RNA 的转录。我们的数据提供了水平获取 DNA 毒性的分子描述，并解释了 H-NS 如何抵消这种毒性。
H-NS is a bacterial folding factor that has been implicated in the silencing of horizontally acquired genes. These genes are thought to be toxic by virtue of their A/T content. Here, Singh et al. show that a major, long-overlooked function of H-NS is to prevent widespread initiation of noncoding transcripts within foreign genes. This study provides a molecular rationalization for the toxicity of horizontally acquired DNA and explains how this is counteracted by H-NS. Widespread intragenic transcription initiation has been observed in many species. Here we show that the Escherichia coli ehxCABD operon contains numerous intragenic promoters in both sense and antisense orientations. Transcription from these promoters is silenced by the histone-like nucleoid structuring (H-NS) protein. On a genome-wide scale, we show that 46% of H-NS-suppressed transcripts in E. coli are intragenic in origin. Furthermore, many intergenic promoters repressed by H-NS are for noncoding RNAs (ncRNAs). Thus, a major overlooked function of H-NS is to prevent transcription of spurious RNA. Our data provide a molecular description for the toxicity of horizontally acquired DNA and explain how this is counteracted by H-NS.
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影响因子：
6.4
作者：
Raghavan R;Sloan DB;Ochman H
通讯作者：
Ochman H
DOI：
10.1073/pnas.0913551107
发表时间：
2010-03-16
影响因子：
11.1
作者：
Gordon, Blair R. G.;Li, Yifei;Liu, Jun
通讯作者：
Liu, Jun
影响因子：
3.1
作者：
Iyoda, Sunao;Honda, Naoko;Ohnishi, Makoto
通讯作者：
Ohnishi, Makoto
大肠杆菌K-12的构造框架，单基因敲除突变体：Keio Collection。
影响因子：
9.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Keseler IM;Mackie A;Peralta-Gil M;Santos-Zavaleta A;Gama-Castro S;Bonavides-Martínez C;Fulcher C;Huerta AM;Kothari A;Krummenacker M;Latendresse M;Muñiz-Rascado L;Ong Q;Paley S;Schröder I;Shearer AG;Subhraveti P;Travers M;Weerasinghe D;Weiss V;Collado-Vides J;Gunsalus RP;Paulsen I;Karp PD
通讯作者：
Karp PD