NPInter v2.0: an updated database of ncRNA interactions.
NPInter v2.0: an updated database of ncRNA interactions.
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NPInter v2.0：更新的 ncRNA 相互作用数据库
DOI：
10.1093/nar/gkt1057
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发表时间：
2014-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Chen R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yuan J;Wu W;Xie C;Zhao G;Zhao Y;Chen R
Http://www.bioinfo.org/NPInter)是一个数据库，它整合了实验验证的非编码RNA(不包括tRNA和rRNA)与其他生物分子(蛋白质、RNA和基因组DNA)之间的功能相互作用。对ncRNA相互作用的广泛研究表明，ncRNA可以作为酶或结构复合体、基因调节因子或其他功能元件的一部分。随着高通量生物技术的发展，如交联免疫沉淀和高通量测序(CLIP-SEQ)，近年来已知的ncRNA相互作用的数量，特别是通过蛋白质结合形成的ncRNA相互作用的数量迅速增加。在这项工作中，我们通过收集最近的文献和相关数据库中的ncRNA相互作用，将NPInter更新到2.0版，将条目数量扩大到201个107个，涉及18个物种。此外，NPInterv2.0还加入了BLAST比对搜索以及交互可视化的服务。
NPInter (http://www.bioinfo.org/NPInter) is a database that integrates experimentally verified functional interactions between noncoding RNAs (excluding tRNAs and rRNAs) and other biomolecules (proteins, RNAs and genomic DNAs). Extensive studies on ncRNA interactions have shown that ncRNAs could act as part of enzymatic or structural complexes, gene regulators or other functional elements. With the development of high-throughput biotechnology, such as cross-linking immunoprecipitation and high-throughput sequencing (CLIP-seq), the number of known ncRNA interactions, especially those formed by protein binding, has grown rapidly in recent years. In this work, we updated NPInter to version 2.0 by collecting ncRNA interactions from recent literature and related databases, expanding the number of entries to 201 107 covering 18 species. In addition, NPInter v2.0 incorporated a service for the BLAST alignment search as well as visualization of interactions.
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