A bioinformatics method identifies prominent off-targeted transcripts in RNAi screens.
A bioinformatics method identifies prominent off-targeted transcripts in RNAi screens.
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DOI：
10.1038/nmeth.1898
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发表时间：
2012-02-19
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
King, Randall W.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sigoillot, Frederic D.;Lyman, Susan;Huckins, Jeremy F.;Adamson, Britt;Chung, Eunah;Quattrochi, Brian;King, Randall W.
由于脱靶效应阻碍了RNAi筛选的解释和验证，因此我们开发了一种生物信息学方法，全基因组富集种子序列匹配（GESS），以从初步筛选数据的直接分析中识别候选脱靶转录本。GESS在几个筛选中鉴定出突出的脱靶转录物，包括在筛选纺锤体组装检查点的组分中的MAD 2。我们展示了如何将GESS分析的结果结合起来，可以提高RNAi筛选的验证率。
Because off-target effects hamper interpretation and validation of RNAi screens, we developed a bioinformatics method, Genome-wide Enrichment of Seed Sequence matches (GESS), to identify candidate off-targeted transcripts from direct analysis of primary screening data. GESS identified a prominent off-targeted transcript in several screens, including MAD2 in a screen for components of the spindle assembly checkpoint. We demonstrate how incorporation of the results of GESS analysis can enhance the validation rate in RNAi screens.
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影响因子：
46.9
作者：
Jackson, AL;Bartz, SR;Linsley, PS
通讯作者：
Linsley, PS
影响因子：
4.4
作者：
Sudbery, Ian;Enright, Anton J.;Dunham, Ian
通讯作者：
Dunham, Ian
影响因子：
14.9
作者：
Lin, XY;Ruan, X;Anderson, MG;McDowell, JA;Kroeger, PE;Fesik, SW;Shen, Y
通讯作者：
Shen, Y
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
DOI：
10.1186/1758-907x-2-3
发表时间：
2011-03-14
期刊：
Silence
影响因子：
--
作者：
Schultz N;Marenstein DR;De Angelis DA;Wang WQ;Nelander S;Jacobsen A;Marks DS;Massagué J;Sander C
通讯作者：
Sander C