libsbmljs-Enabling web-based SBML tools.
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DOI：
10.1016/j.biosystems.2020.104150
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发表时间：
2020-07
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Sauro HM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Medley JK;Hellerstein J;Sauro HM
SBML标准在许多在线存储库中用于存储系统生物学模型，但目前还没有能够读取和写入SBML格式的支持Web的JavaScript库。这是一个严重的限制，因为Web已经成为软件分发的通用手段，而现代Web浏览器的图形功能为构建丰富的交互式应用程序提供了强大的手段。此外，越来越多的专门从事Web技术的开发人员准备利用Web的通用性来构建系统生物学和其他领域的下一代工具。然而，当前的解决方案需要服务器端处理，以便支持建模中的现有标准。我们提供libsbmljs，一个用于Node.js和Web的JavaScript / WebAssembly库，完全支持所有SBML扩展。我们的库是一种支持在线SBML编辑器、模型构建工具和基于Web的模拟器的技术，完全在浏览器中运行，无需任何专用的服务器资源。我们提供NPM包、一组广泛的示例、JavaScript API文档和在线演示，允许用户阅读和验证BioModels和BiGG数据库中任何模型的SBML内容。我们还提供了指令和脚本，允许用户针对任何libSBML版本构建libsbmljs的副本。虽然我们的库支持所有现有的SBML扩展，但我们将介绍如何向包装器添加额外的扩展，如果将来出现任何扩展的话。为了演示此实现的实用性，我们还在https://libsbmljsdemo.github.io/上提供了一个演示，其中包含一个概念验证SBML模拟器，该模拟器支持SBML核心模型的ODE和随机模拟。
The SBML standard is used in a number of online repositories for storing systems biology models, yet there is currently no Web–capable JavaScript library that can read and write the SBML format. This is a severe limitation since the Web has become a universal means of software distribution, and the graphical capabilities of modern web browsers offer a powerful means for building rich, interactive applications. Also, there is a growing developer population specialized in web technologies that is poised to take advantage of the universality of the web to build the next generation of tools in systems biology and other fields. However, current solutions require server–side processing in order to support existing standards in modeling. We present libsbmljs, a JavaScript / WebAssembly library for Node.js and the Web with full support for all SBML extensions. Our library is an enabling technology for online SBML editors, model–building tools, and web–based simulators, and runs entirely in the browser without the need for any dedicated server resources. We provide NPM packages, an extensive set of examples, JavaScript API documentation, and an online demo that allows users to read and validate the SBML content of any model in the BioModels and BiGG databases. We also provide instructions and scripts to allow users to build a copy of libsbmljs against any libSBML version. Although our library supports all existing SBML extensions, we cover how to add additional extensions to the wrapper, should any arise in the future. To demonstrate the utility of this implementation, we also provide a demo at https://libsbmljsdemo.github.io/ with a proof–of–concept SBML simulator that supports ODE and stochastic simulations for SBML core models.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btv341
发表时间：
2015-10-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Rodriguez N;Thomas A;Watanabe L;Vazirabad IY;Kofia V;Gómez HF;Mittag F;Matthes J;Rudolph J;Wrzodek F;Netz E;Diamantikos A;Eichner J;Keller R;Wrzodek C;Fröhlich S;Lewis NE;Myers CJ;Le Novère N;Palsson BØ;Hucka M;Dräger A
通讯作者：
Dräger A
影响因子：
4.3
作者：
King ZA;Dräger A;Ebrahim A;Sonnenschein N;Lewis NE;Palsson BO
通讯作者：
Palsson BO
影响因子：
1.9
作者：
Olivier, Brett G.;Bergmann, Frank T.
通讯作者：
Bergmann, Frank T.
影响因子：
5.8
作者：
Olivier, BG;Snoep, JL
通讯作者：
Snoep, JL
影响因子：
5.8
作者：
Bornstein, Benjamin J.;Keating, Sarah M.;Hucka, Michael
通讯作者：
Hucka, Michael