Structural Insights into Mdn1, an Essential AAA Protein Required for Ribosome Biogenesis.
Structural Insights into Mdn1, an Essential AAA Protein Required for Ribosome Biogenesis.
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DOI：
10.1016/j.cell.2018.09.015
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发表时间：
2018-10-18
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Kapoor TM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen Z;Suzuki H;Kobayashi Y;Wang AC;DiMaio F;Kawashima SA;Walz T;Kapoor TM
Mdn 1是一种必需的AAA（与各种活动相关的ATP酶）蛋白，可从核糖体60 S亚基的不同前体中去除组装因子。然而，Mdn 1的大尺寸（~ 5000 aa）和其有限的同源性，以其他充分研究的蛋白质限制了我们对其重塑功能的理解。在这里，我们提出了S的结构。当AMPPNP浓度为~ 40 μ mol/L或ATP + Rbin-1（一种化学抑制剂）浓度为~ 80 μ mol/L时，这些数据表明，Mdn 1的MIDAS结构域通过一个约20 nm长的结构连接子和一个约500 aa的富含Asp/Glu的柔性基序连接到其环形AAA结构域。我们发现，MIDAS结构域，它也结合其他核糖体组装因子，停靠在AAA环的核苷酸状态特异性的方式。总之，我们的研究结果揭示了AAA环中的构象变化如何直接传递到MIDAS结构域，从而驱动核糖体60 S亚基前体中组装因子的靶向释放。
Mdn1 is an essential AAA (ATPase Associated with various Activities) protein that removes assembly factors from distinct precursors of the ribosomal 60S subunit. However, Mdn1’s large size (~5000aa) and its limited homology to other well-studied proteins have restricted our understanding of its remodeling functions. Here, we present structures for S. pombe Mdn1 in the presence of AMPPNP at up to ~4Å, or ATP plus Rbin-1, a chemical inhibitor, at ~8Å. These data reveal that Mdn1’s MIDAS domain is tethered to its ring-shaped AAA domain through an ~20nm long structured linker and a flexible ~500aa Asp/Glu-rich motif. We find that the MIDAS domain, which also binds other ribosome-assembly factors, docks onto the AAA ring in a nucleotide state-specific manner. Together, our findings reveal how conformational changes in the AAA ring can be directly transmitted to the MIDAS domain and thereby drive the targeted release of assembly factors from ribosomal 60S-subunit precursors.
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影响因子：
14.8
作者：
Kelley LA;Mezulis S;Yates CM;Wass MN;Sternberg MJ
通讯作者：
Sternberg MJ
影响因子：
16.8
作者：
Barrio-Garcia, Clara;Thoms, Matthias;Hurt, Ed
通讯作者：
Hurt, Ed
影响因子：
3
作者：
Hohn, Michael;Tang, Grant;Ludtke, Steven J.
通讯作者：
Ludtke, Steven J.
DOI：
10.1107/s0907444909052925
发表时间：
2010-02
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography
影响因子：
--
作者：
Adams PD;Afonine PV;Bunkóczi G;Chen VB;Davis IW;Echols N;Headd JJ;Hung LW;Kapral GJ;Grosse-Kunstleve RW;McCoy AJ;Moriarty NW;Oeffner R;Read RJ;Richardson DC;Richardson JS;Terwilliger TC;Zwart PH
通讯作者：
Zwart PH
DOI：
10.1126/science.aao0464
发表时间：
2017-11-03
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Puchades C;Rampello AJ;Shin M;Giuliano CJ;Wiseman RL;Glynn SE;Lander GC
通讯作者：
Lander GC