Nucleic Acid Quantitation with Log-Linear Response Hybridization Probe Sets.
Nucleic Acid Quantitation with Log-Linear Response Hybridization Probe Sets.
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DOI：
10.1021/acssensors.0c00052
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发表时间：
2020-06-26
期刊：
影响因子：
8.9
通讯作者：
Zhang DY
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wu LR;Fang JZ;Khodakov D;Zhang DY
生物样品中不同核酸种类的浓度跨越多个数量级。实时聚合酶链式反应将目标核酸序列的浓度对数线性映射到循环阈值，以实现宽动态范围的定量，但会受到酶偏倚的影响。在这里，我们提出了一种构建具有高度对数线性响应曲线的杂交探针组的通用设计，以实现大范围（超过 6 个对数）目标 DNA 浓度的准确无酶定量。通过配方化学计量精确调整每个组分探针的灵敏度，将目标定量的标准误差降低至 7%。作为概念证明，我们展示了人脑和肝脏总 RNA 中三种 microRNA 的多重定量。
Concentrations of different nucleic acid species in biological samples span many orders of magnitude. A real-time polymerase chain reaction maps the concentration of a target nucleic acid sequence log–linearly into cycle threshold to enable quantitation with a wide dynamic range but suffers from enzymatic biases. Here, we present a general design for constructing hybridization probe sets with highly log–linear response curves to enable accurate enzyme-free quantitation across large ranges (more than 6 logs) of target DNA concentrations. The sensitivity of each component probe is accurately adjusted via formulation stoichiometry to reduce the standard error of target quantitation down to 7%. As a proof of concept, we show multiplexed quantitation of three microRNA species in total RNA of the human brain and liver.
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影响因子：
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作者：
Lu, J;Getz, G;Golub, TR
通讯作者：
Golub, TR
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Warren AD;Gaylord ST;Ngan KC;Dumont Milutinovic M;Kwong GA;Bhatia SN;Walt DR
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Walt DR
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SANO, T;SMITH, CL;CANTOR, CR
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CANTOR, CR
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Hindson, Benjamin J.;Ness, Kevin D.;Masquelier, Donald A.;Belgrader, Phillip;Heredia, Nicholas J.;Makarewicz, Anthony J.;Bright, Isaac J.;Lucero, Michael Y.;Hiddessen, Amy L.;Legler, Tina C.;Kitano, Tyler K.;Hodel, Michael R.;Petersen, Jonathan F.;Wyatt, Paul W.;Steenblock, Erin R.;Shah, Pallavi H.;Bousse, Luc J.;Troup, Camille B.;Mellen, Jeffrey C.;Wittmann, Dean K.;Erndt, Nicholas G.;Cauley, Thomas H.;Koehler, Ryan T.;So, Austin P.;Dube, Simant;Rose, Klint A.;Montesclaros, Luz;Wang, Shenglong;Stumbo, David P.;Hodges, Shawn P.;Romine, Steven;Milanovich, Fred P.;White, Helen E.;Regan, John F.;Karlin-Neumann, George A.;Hindson, Christopher M.;Saxonov, Serge;Colston, Bill W.
通讯作者：
Colston, Bill W.
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作者：
Ullal AV;Peterson V;Agasti SS;Tuang S;Juric D;Castro CM;Weissleder R
通讯作者：
Weissleder R