Apparent RNA bridging between PRC2 and chromatin is an artefact of non-specific chromatin precipitation upon RNA degradation
Apparent RNA bridging between PRC2 and chromatin is an artefact of non-specific chromatin precipitation upon RNA degradation
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PRC2 和染色质之间的明显 RNA 桥是 RNA 降解时非特异性染色质沉淀的产物
DOI：
10.1101/2023.08.16.553503
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发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hickman A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hickman A
多梳抑制复合体2 （PRC2）修饰染色质以维持对其他细胞系特异性基因的抑制。在体外，RNA抑制PRC2活性，但在细胞中，RNA对PRC2的作用尚不清楚，研究结论是RNA或拮抗或促进PRC2染色质关联。据报道，在染色质免疫沉淀反应中加入RNase A可以减少PRC2靶位点的检测，这表明存在连接PRC2和染色质的RNA桥。在这里，我们证明了RNase A处理后PRC2染色质关联的明显丧失是由于非特异性染色质沉淀。RNA降解使染色质从溶液中沉淀出来，从而掩盖了染色质免疫沉淀反应中特定DNA序列的富集。通过添加聚l -谷氨酸来维持染色质的溶解度，有助于检测RNA降解时PRC2染色质占用率。这些发现削弱了RNA在细胞中连接PRC2和染色质的模型的支持。
Polycomb repressive complex 2 (PRC2) modifies chromatin to maintain repression of genes specific for other cell lineages.In vitro, RNA inhibits PRC2 activity, but the effect of RNA on PRC2 in cells is less clear, with studies concluding that RNA either antagonizes or promotes PRC2 chromatin association. The addition of RNase A to chromatin immunoprecipitation reactions has been reported to reduce detection of PRC2 target sites, suggesting the existence of RNA bridges connecting PRC2 to chromatin. Here, we show that the apparent loss of PRC2 chromatin association after RNase A treatment is due to non-specific chromatin precipitation. RNA degradation precipitates chromatin out of solution, thereby masking enrichment of specific DNA sequences in chromatin immunoprecipitation reactions. Maintaining chromatin solubility by the addition of poly-L-glutamic acid rescues detection of PRC2 chromatin occupancy upon RNA degradation. These findings undermine support for the model that RNA bridges PRC2 and chromatin in cells.
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影响因子：
16
作者：
Cifuentes-Rojas, Catherine;Hernandez, Alfredo J.;Sarma, Kavitha;Lee, Jeannie T.
通讯作者：
Lee, Jeannie T.
影响因子：
16.8
作者：
Beltran, Manuel;Tavares, Manuel;Jenner, Richard G.
通讯作者：
Jenner, Richard G.
影响因子：
13.6
作者：
Long Y;Wang X;Youmans DT;Cech TR
通讯作者：
Cech TR
PRC2 染色质占据的明显丧失是 RNA 耗尽的结果
DOI：
10.1101/2023.08.16.553488
发表时间：
2024
期刊：
bioRxiv
影响因子：
--
作者：
Evan Healy;Qi Zhang;Emma H. Gail;Samuel C. Agius;Gui;Michael J. Bullen;Varun Pandey;P. P. Das;J. Polo;C. Davidovich
通讯作者：
C. Davidovich
DOI：
10.1073/pnas.0904715106
发表时间：
2009-07-14
影响因子：
11.1
作者：
Khalil, Ahmad M.;Guttman, Mitchell;Rinn, John L.
通讯作者：
Rinn, John L.