PCFamily: a web server for searching homologous protein complexes.
PCFamily: a web server for searching homologous protein complexes.
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DOI：
10.1093/nar/gkq464
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发表时间：
2010-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Yang JM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lo YS;Lin CY;Yang JM
细胞中的蛋白质常常聚集成复合物来执行它们的功能，并在生物过程中发挥重要作用。PCFamily服务器识别基于模板的同源蛋白复合物[称为蛋白复合物家族（protein complex family， PCF）]，并推断查询蛋白的功能模块。该服务器首先使用BLASTP搜索结构模板数据库（11 263个配合物）找到查询的同源结构配合物。PCFamily随后从完整的基因组数据库（Integr8，包含2274个物种的6 352 363个蛋白序列）中搜索模板的同源复合物（查询）。根据这些跨多个物种的同源复合物，该服务器推断出PCF的结合模式（如氢键和界面中保守的氨基酸）、功能模块、保守的相互作用域和基因本体注释。实验结果表明，PCFamily服务器可以用于绑定模型可视化和注释查询蛋白。我们相信该服务器能够为确定跨多个物种的生物网络的功能模块提供有价值的见解。PCFamily服务器可在http://pcfamily.life.nctu.edu.tw上获得。
The proteins in a cell often assemble into complexes to carry out their functions and play an essential role of biological processes. The PCFamily server identifies template-based homologous protein complexes [called protein complex family (PCF)] and infers functional modules of the query proteins. This server first finds homologous structure complexes of the query using BLASTP to search the structural template database (11 263 complexes). PCFamily then searches the homologous complexes of the templates (query) from a complete genomic database (Integr8 with 6 352 363 protein sequences in 2274 species). According to these homologous complexes across multiple species, this sever infers binding models (e.g. hydrogen-bonds and conserved amino acids in the interfaces), functional modules, and the conserved interacting domains and Gene Ontology annotations of the PCF. Experimental results demonstrate that the PCFamily server can be useful for binding model visualizations and annotating the query proteins. We believe that the server is able to provide valuable insights for determining functional modules of biological networks across multiple species. The PCFamily sever is available at http://pcfamily.life.nctu.edu.tw.
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