Phyx: phylogenetic tools for unix.
Phyx: phylogenetic tools for unix.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btx063
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发表时间：
2017-06-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Smith SA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Brown JW;Walker JF;Smith SA
基因组数据生成的容易程度已经大大增加了即使是常规系统发育调查的计算负担。为了解决这个问题，我们提出phyx：一个用C++编写的程序集合，用于探索，操作，分析和模拟系统发育对象（对齐，树和MCMC日志）。以Unix/GNU/Linux命令行工具为模型，单个程序执行单个任务，并对标准I/O流进行操作，这些流可以通过管道快速轻松地形成复杂的分析管道。由于以流为中心的范例，内存需求被最小化（通常在任何情况下内存中只有一个树或序列），因此phyx能够有效地处理非常大的数据集。 phyx运行在POSIX兼容的操作系统上。源代码、安装说明、文档和示例文件可以在GNU通用公共许可证下免费获得，网址为https://github.com/FePhyFoFum/phyx。
The ease with which phylogenomic data can be generated has drastically escalated the computational burden for even routine phylogenetic investigations. To address this, we present phyx: a collection of programs written in C ++ to explore, manipulate, analyze and simulate phylogenetic objects (alignments, trees and MCMC logs). Modelled after Unix/GNU/Linux command line tools, individual programs perform a single task and operate on standard I/O streams that can be piped to quickly and easily form complex analytical pipelines. Because of the stream-centric paradigm, memory requirements are minimized (often only a single tree or sequence in memory at any instance), and hence phyx is capable of efficiently processing very large datasets. phyx runs on POSIX-compliant operating systems. Source code, installation instructions, documentation and example files are freely available under the GNU General Public License at https://github.com/FePhyFoFum/phyx Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
3.7
作者：
Springer MS;Meredith RW;Gatesy J;Emerling CA;Park J;Rabosky DL;Stadler T;Steiner C;Ryder OA;Janečka JE;Fisher CA;Murphy WJ
通讯作者：
Murphy WJ
影响因子：
10.7
作者：
Yang Y;Smith SA
通讯作者：
Smith SA
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu462
发表时间：
2014-09-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Mirarab S;Reaz R;Bayzid MS;Zimmermann T;Swenson MS;Warnow T
通讯作者：
Warnow T
影响因子：
10.7
作者：
Bollback, JP
通讯作者：
Bollback, JP
影响因子：
5.8
作者：
Smith, Stephen A.;Dunn, Casey W.
通讯作者：
Dunn, Casey W.