Morphological analysis of chiral rod clusters from a coarse-grained single-site chiral potential.
Morphological analysis of chiral rod clusters from a coarse-grained single-site chiral potential.
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从粗粒单位点手性势对手性杆簇进行形态学分析。
DOI：
10.1039/c9sm01343a
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发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
3.4
通讯作者：
Sutherland BJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sutherland BJ
我们提出了一种用于模拟手性相互作用的粗粒度单位点潜力，具有可调节的强度、旋向性和首选扭转角。作为一个应用，我们执行盆地跳跃全局优化来预测手性棒簇的首选几何形状。基于这些预测的形态相图有四个不同的族，包括先前报道的基于形状引入手性的电势结构，例如膜和螺旋。这两种配置之间的转变再现了 fd 噬菌体实验结果的一些关键特征。其潜力在于计算成本低廉、直观且多功能；我们预计它将有助于手性分子的大规模模拟。对于限制在圆柱形容器中的手性粒子，我们重现了在罐子中观察到的螺旋面食的行为。因此，这种手性势能够提供对宏观和分子长度尺度结构的洞察。
We present a coarse-grained single-site potential for simulating chiral interactions, with adjustable strength, handedness, and preferred twist angle. As an application, we perform basin-hopping global optimisation to predict the favoured geometries for clusters of chiral rods. The morphology phase diagram based upon these predictions has four distinct families, including previously reported structures for potentials that introduce chirality based on shape, such as membranes and helices. The transition between these two configurations reproduces some key features of experimental results for fd bacteriophage. The potential is computationally inexpensive, intuitive, and versatile; we expect it will be useful for large scale simulations of chiral molecules. For chiral particles confined in a cylindrical container we reproduce the behaviour observed for fusilli pasta in a jar. Hence this chiropole potential has the capability to provide insight into structures on both macroscopic and molecular length scales.
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影响因子：
4.4
作者：
VANDERMEER, BW;VERTOGEN, G;YPMA, JGJ
通讯作者：
YPMA, JGJ
影响因子：
3.4
作者：
Chakrabarti, Dwaipayan;Wales, David J.
通讯作者：
Wales, David J.
噬菌体fd的吸附蛋白与其邻近的次要外壳蛋白构建了一个结构实体。
DOI：
--
发表时间：
1994
期刊：
European Journal of Biochemistry
影响因子：
--
作者：
V. Gailus;Ihab Rasched
通讯作者：
Ihab Rasched
影响因子：
4.4
作者：
Paramonov, L;Yaliraki, SN
通讯作者：
Yaliraki, SN
影响因子：
4.4
作者：
Maxime M. C. Tortora;J. Doye
通讯作者：
J. Doye