One number does not fit all: mapping local variations in resolution in cryo-EM reconstructions.
One number does not fit all: mapping local variations in resolution in cryo-EM reconstructions.
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DOI：
10.1016/j.jsb.2013.08.002
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发表时间：
2013-11
影响因子：
3
通讯作者：
Steven, Alasdair C.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cardone, Giovanni;Heymann, J. Bernard;Steven, Alasdair C.
关键词：
单粒子分析密度图的分辨率通常以获得一致信息的最高空间频率来衡量。此计算表示整个重建体积的平均值。然而，在实践中，由于标本的固有特性或技术原因（如观察方向的非各向同性分布），可能会出现大量的局部分辨率变化。为了解决这个问题，我们建议使用空间频率表示，即短空间傅里叶变换，来评估密度图的质量，逐体素，即通过局部分辨率映射。在这种方法中，将实验体积分成小的子体积，并确定每个子体积的分辨率。它在模型数据和实验密度图的应用中都得到了说明。分辨率低于平均水平的区域可能是可移动的成分，或者是不完全占据的成分，或者是多种构象状态的结果。为了提高重建的可解释性，我们提出了一种自适应滤波方法，该方法将计算单个特征的分辨率与局部分辨率图的结果相协调。
The resolution of density maps from single particle analysis is usually measured in terms of the highest spatial frequency to which consistent information has been obtained. This calculation represents an average over the entire reconstructed volume. In practice, however, substantial local variations in resolution may occur, either from intrinsic properties of the specimen or for technical reasons such as a non-isotropic distribution of viewing orientations. To address this issue, we propose the use of a space-frequency representation, the short-space Fourier transform, to assess the quality of a density map, voxel-by-voxel, i.e. by local resolution mapping. In this approach, the experimental volume is divided into small subvolumes and the resolution determined for each of them. It is illustrated in applications both to model data and to experimental density maps. Regions with lower-than-average resolution may be mobile components or ones with incomplete occupancy or result from multiple conformational states. To improve the interpretability of reconstructions, we propose an adaptive filtering approach that reconciles the resolution to which individual features are calculated with the results of the local resolution map.
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DOI：
10.1016/j.str.2010.05.008
发表时间：
2010-07-14
期刊：
Structure (London, England : 1993)
影响因子：
--
作者：
Liao HY;Frank J
通讯作者：
Frank J
DOI：
10.1083/jcb.91.3.790
发表时间：
1981-12
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Crowther RA;Pearse BM
通讯作者：
Pearse BM
影响因子：
5.7
作者：
Kingston, RL;Fitzon-Ostendorp, T;Rossmann, MG
通讯作者：
Rossmann, MG
影响因子：
16.8
作者：
Huiskonen, JT;Kivelä, HM;Butcher, SJ
通讯作者：
Butcher, SJ
影响因子：
20.6
作者：
HARRIS, FJ
通讯作者：
HARRIS, FJ