Comparative Genomics across Three Ensifer Species Using a New Complete Genome Sequence of the Medicago Symbiont Sinorhizobium (Ensifer) meliloti WSM1022.
Comparative Genomics across Three Ensifer Species Using a New Complete Genome Sequence of the Medicago Symbiont Sinorhizobium (Ensifer) meliloti WSM1022.
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使用Medicago Symbiont Sinorhizobium（Ensifer）Meliloti WSM1022的新的完整基因组序列的三个ensifer物种的比较基因组学。
DOI：
10.3390/microorganisms9122428
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发表时间：
2021-11-25
期刊：
影响因子：
4.5
通讯作者：
Lagunas B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Baxter L;Roy P;Picot E;Watts J;Jones A;Wilkinson H;Schäfer P;Gifford M;Lagunas B
本文报道了苜蓿中华根瘤菌（Sinorhizobium（Ensifer）meliloti）菌株WSM 1022的改良全基因组序列，揭示了其三重结构。这种改进的基因组序列是结合Illumina和Oxford纳米孔测序技术生成的，以更好地了解细菌的共生特性。6.75 Mb WSM 1022基因组由三个支架组成，对应于染色体（3.70 Mb）和pSymA（1.38 Mb）和pSymB（1.66 Mb）巨质粒。该组装体的平均GC含量为62.2%，平均覆盖度为77X。WSM1022的基因组注释预测了6058个蛋白质编码序列（CDS）、202个假基因、9个rRNA（5S、16S和23S各3个）、55个tRNA和4个ncRNA。我们将WSM1022的基因组与另外两个根瘤菌菌株进行了比较，这两个根瘤菌菌株是与苜蓿中华根瘤菌（Sinorhizobium（Ensifer）meliloti）Sm1021和苜蓿中华根瘤菌（Sinorhizobium（Ensifer）medicae）WSM419密切相关的。WSM 1022和WSM 419与蒺藜苜蓿共生时均为高效根瘤菌，而Sm 1021则为无效根瘤菌。我们的研究结果报告了三个菌株之间的显着基因组差异，其中苜蓿属菌株之间存在一些相似性，高效菌株WSM 1022和WSM 419之间存在一些相似性。添加这种高质量的根瘤菌基因组序列结合比较分析，将有助于解开的功能，使根瘤菌共生体高效固氮。
Here, we report an improved and complete genome sequence of Sinorhizobium (Ensifer) meliloti strain WSM1022, a microsymbiont of Medicago species, revealing its tripartite structure. This improved genome sequence was generated combining Illumina and Oxford nanopore sequencing technologies to better understand the symbiotic properties of the bacterium. The 6.75 Mb WSM1022 genome consists of three scaffolds, corresponding to a chromosome (3.70 Mb) and the pSymA (1.38 Mb) and pSymB (1.66 Mb) megaplasmids. The assembly has an average GC content of 62.2% and a mean coverage of 77X. Genome annotation of WSM1022 predicted 6058 protein coding sequences (CDSs), 202 pseudogenes, 9 rRNAs (3 each of 5S, 16S, and 23S), 55 tRNAs, and 4 ncRNAs. We compared the genome of WSM1022 to two other rhizobial strains, closely related Sinorhizobium (Ensifer) meliloti Sm1021 and Sinorhizobium (Ensifer) medicae WSM419. Both WSM1022 and WSM419 species are high-efficiency rhizobial strains when in symbiosis with Medicago truncatula, whereas Sm1021 is ineffective. Our findings report significant genomic differences across the three strains with some similarities between the meliloti strains and some others between the high efficiency strains WSM1022 and WSM419. The addition of this high-quality rhizobial genome sequence in conjunction with comparative analyses will help to unravel the features that make a rhizobial symbiont highly efficient for nitrogen fixation.
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影响因子：
4.4
作者：
Nogales J;Domínguez-Ferreras A;Amaya-Gómez CV;van Dillewijn P;Cuéllar V;Sanjuán J;Olivares J;Soto MJ
通讯作者：
Soto MJ
影响因子：
14.9
作者：
Eichinger V;Nussbaumer T;Platzer A;Jehl MA;Arnold R;Rattei T
通讯作者：
Rattei T
影响因子：
5.1
作者：
Matilla, Miguel A.;Ramos, Juan L.;Ramos-Gonzalez, Maria Isabel
通讯作者：
Ramos-Gonzalez, Maria Isabel
DOI：
10.1016/j.bbamcr.2013.12.019
发表时间：
2014-08
影响因子：
5.1
作者：
Christie, Peter J.;Whitaker, Neal;Gonzalez-Rivera, Christian
通讯作者：
Gonzalez-Rivera, Christian
影响因子：
4.9
作者：
Garau, G;Reeve, WG;Howieson, JG
通讯作者：
Howieson, JG