Bayesian analysis of genetic association across tree-structured routine healthcare data in the UK Biobank.
Bayesian analysis of genetic association across tree-structured routine healthcare data in the UK Biobank.
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DOI：
10.1038/ng.3926
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发表时间：
2017-09
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
McVean G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cortes A;Dendrou CA;Motyer A;Jostins L;Vukcevic D;Dilthey A;Donnelly P;Leslie S;Fugger L;McVean G
从常规医疗保健数据中提取的大量表型中发现基因可以改变我们对人类表型的理解，并加速向精确医学发展。然而，在分析高维和异质数据时，一个关键问题是如何最好地询问越来越具体的亚型，同时保留检测遗传关联的统计能力。在这里，我们开发并使用了一种新的贝叶斯分析框架，该框架利用诊断分类的分层结构来分析来自自我报告和医院事件统计的英国生物库疾病表型的遗传变异。我们的方法显示，与其他方法相比，检测遗传效应的能力提高了20%以上，并确定了经典人类白细胞抗原(HL A)等位基因与常见免疫介导性疾病(IMD)之间的新关联。通过将该方法应用于遗传风险评分(GRS)，我们揭示了IMD之间基因共享的程度，并揭示了在疾病认知或诊断方面的差异具有潜在的临床意义。
Genetic discovery from the multitude of phenotypes extractable from routine healthcare data can transform our understanding of the human phenome and accelerate progress towards precision medicine. However, a critical question when analysing high-dimensional and heterogeneous data is how to best interrogate increasingly specific subphenotypes whilst retaining statistical power to detect genetic associations. Here we develop and employ a novel Bayesian analysis framework that exploits the hierarchical structure of diagnosis classifications to analyse genetic variants against UK Biobank disease phenotypes derived from self-reporting and hospital episode statistics. Our method displays a more than 20% increase in power to detect genetic effects over other approaches and identifies novel associations between classical human leukocyte antigen (HLA) alleles and common immune-mediated diseases (IMDs). By applying the approach to genetic risk scores (GRSs) we reveal the extent of genetic sharing between IMDs and expose differences in disease perception or diagnosis with potential clinical implications.
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影响因子：
30.8
作者：
Gutierrez-Achury, Javier;Zhernakova, Alexandra;Pulit, Sara L.;Trynka, Gosia;Hunt, Karen A.;Romanos, Jihane;Raychaudhuri, Soumya;van Heel, David A.;Wijmenga, Cisca;de Balcker, Paul I. W.
通讯作者：
de Balcker, Paul I. W.
克罗恩病和溃疡性结肠炎表型的遗传决定因素：遗传关联研究。
DOI：
10.1016/s0140-6736(15)00465-1
发表时间：
2016-01-09
期刊：
Lancet (London, England)
影响因子：
--
作者：
Cleynen I;Boucher G;Jostins L;Schumm LP;Zeissig S;Ahmad T;Andersen V;Andrews JM;Annese V;Brand S;Brant SR;Cho JH;Daly MJ;Dubinsky M;Duerr RH;Ferguson LR;Franke A;Gearry RB;Goyette P;Hakonarson H;Halfvarson J;Hov JR;Huang H;Kennedy NA;Kupcinskas L;Lawrance IC;Lee JC;Satsangi J;Schreiber S;Théâtre E;van der Meulen-de Jong AE;Weersma RK;Wilson DC;International Inflammatory Bowel Disease Genetics Consortium;Parkes M;Vermeire S;Rioux JD;Mansfield J;Silverberg MS;Radford-Smith G;McGovern DP;Barrett JC;Lees CW
通讯作者：
Lees CW
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1146/annurev-genom-090314-024956
发表时间：
2016-08-31
影响因子：
8.7
作者：
Denny JC;Bastarache L;Roden DM
通讯作者：
Roden DM
影响因子：
4.3
作者：
Dilthey, Alexander;Leslie, Stephen;McVean, Gil
通讯作者：
McVean, Gil