Using high-density DNA methylation arrays to profile copy number alterations.
Using high-density DNA methylation arrays to profile copy number alterations.
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DOI：
10.1186/gb-2014-15-2-r30
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发表时间：
2014-02-03
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Beck S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Feber A;Guilhamon P;Lechner M;Fenton T;Wilson GA;Thirlwell C;Morris TJ;Flanagan AM;Teschendorff AE;Kelly JD;Beck S
基因组学和表观基因组学数据的整合是研究驱动癌症发展的复杂机制的一种日益流行的方法。我们开发了一种评估高密度DNA甲基化阵列的甲基化和拷贝数的方法。比较来自Infinium HumanMethylation450 BeadChips和SNP阵列的拷贝数数据，我们证明Infinium阵列检测拷贝数变化具有SNP平台的敏感性。这些结果表明，高密度甲基化阵列为单个实验中检测拷贝数和甲基化变化提供了一个强大而经济的平台。我们的方法可以在ChAMP Bioconductor软件包中获得：http://www.bioconductor.org/packages/2.13/bioc/html/ChAMP.html。
The integration of genomic and epigenomic data is an increasingly popular approach for studying the complex mechanisms driving cancer development. We have developed a method for evaluating both methylation and copy number from high-density DNA methylation arrays. Comparing copy number data from Infinium HumanMethylation450 BeadChips and SNP arrays, we demonstrate that Infinium arrays detect copy number alterations with the sensitivity of SNP platforms. These results show that high-density methylation arrays provide a robust and economic platform for detecting copy number and methylation changes in a single experiment. Our method is available in the ChAMP Bioconductor package: http://www.bioconductor.org/packages/2.13/bioc/html/ChAMP.html.
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通讯作者：
Beck S
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